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プロモーターに結合する転写因子を調べるデータベース トピック削除
No.737-TOPIC - 2012/07/10 (火) 02:18:43 - 転写因子
いつも勉強させてもらっています。

「遺伝子Aのプロモーターに結合しうる転写因子として何があるか」を調べたいのですが、網羅的に検索できるデータベースはありますでしょうか。

よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.737-6 - 2017/10/25 (水) 16:30:38 - vmax
ChIP-Atlas(http://chip-atlas.org/)
ChIP-seqのデータがまとまっているので領域がわかるならその部分をみてみると良いと思います。

ありがとうございます 削除/引用
No.737-4 - 2012/07/11 (水) 22:19:07 - 転写因子
直輝様、123様

コメントありがとうございます。

過去の掲示板でもいくつか紹介されてましたね
すみません、確認不足でした。

紹介してもらったデータベースを使ってみます。
ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.737-3 - 2012/07/10 (火) 18:25:47 - 123
こことか
http://www.genecards.org/
ここ
http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess
で調べていました。
TESSのほうはなんか最近様子が変わったようです。

(無題) 削除/引用
No.737-2 - 2012/07/10 (火) 08:46:53 - 直輝
2つ前のフォーラムに同様の質問が複数あるので検索してみてください。

私は有料データベースも使ったことがありますが、結合モチーフ予測の精度は現状とても低いです。(Wet実験で確認して当たりがあったらラッキー程度)

プロモーターに結合する転写因子を調べるデータベース 削除/引用
No.737-1 - 2012/07/10 (火) 02:18:43 - 転写因子
いつも勉強させてもらっています。

「遺伝子Aのプロモーターに結合しうる転写因子として何があるか」を調べたいのですが、網羅的に検索できるデータベースはありますでしょうか。

よろしくお願いします。

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