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illuminaライブラリー定量のstandardについて トピック削除
No.7317-TOPIC - 2018/10/16 (火) 14:07:03 - az
いつも勉強させていただいております。

illumina Miseqのライブラリー作成後の定量について
これまでKAPAのリアルタイムPCRキットを使っていましたが、
DNA standardが高すぎるので他のものを探しています。
(KAPAの酵素がたくさん余っているので)

takara のリアルタイムPCRキットに付随する
Z8325N DNA Standards for Library Quantification
が、半額ほどで良さそうなのですが、
takaraに問い合わせたところ、「他のキットでの使用はできません」、
とのお返事でした。

DNA Standardsはillumina のアダプターをつけたDNAのけんだく液だと
理解しているので、使えるのではないかと思うのですが
高額なので試してみる勇気もなく、、

どなたか、使用したことがある、というような方や、
内容をご存知の方などいらっしゃいませんでしょうか？
　
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(無題) 削除/引用
No.7317-6 - 2018/10/17 (水) 14:40:16 - az
ありがとうございます。

TOYOBOは初めて知りました。
確かに一番安いですね！

TAKARAのDNA standaedも使えそうですが、
値段を考えるとTOYOBOの方が割安ですね。。

ありがとうございます、検討してみます！！


>[Re:5] あかねさんは書きました :
> 推奨しないだけで、使えるはずです。
> 私達はTOYOBOのNGS定量キット(キャンペーン時に購入）を使ってます。

(無題) 削除/引用
No.7317-5 - 2018/10/17 (水) 13:00:18 - あかね
推奨しないだけで、使えるはずです。
私達はTOYOBOのNGS定量キット(キャンペーン時に購入）を使ってます。

(無題) 削除/引用
No.7317-4 - 2018/10/17 (水) 10:04:28 - az
早速の回答をありがとうございます。

Qubitのキットも所有していますので
試してみようと思います。
リアルタイムPCRに比べて偽者のライブラリーを拾ってしまうとのことで
敬遠していたのですが、これまでバイオアナライザーの結果と相違あることがほとんどなかったので、問題ないですよね。。
どうもありがとうございます！


>[Re:2] seventhさんは書きました :
> 直接の回答ではないですが、当方ではバイオアナライザでのライブラリ長測定とQubitの濃度測定からモル濃度を推定しています。
> 長鎖ライブラリほどクラスター形成効率が悪いので長さに合わせて最終濃度を調整する必要があります（300bpぐらいだと10pM、500bpだと1.2-1.5pM）が、だいたい同じライブラリ長の混合ライブラリだとほぼ等量のデータが出てきます。
>

(無題) 削除/引用
No.7317-3 - 2018/10/16 (火) 18:18:00 - seventh
失礼。
1.2-1.5pM　->　12-15pM　でした。
いずれもMiseqの場合です。

(無題) 削除/引用
No.7317-2 - 2018/10/16 (火) 18:16:06 - seventh
直接の回答ではないですが、当方ではバイオアナライザでのライブラリ長測定とQubitの濃度測定からモル濃度を推定しています。
長鎖ライブラリほどクラスター形成効率が悪いので長さに合わせて最終濃度を調整する必要があります（300bpぐらいだと10pM、500bpだと1.2-1.5pM）が、だいたい同じライブラリ長の混合ライブラリだとほぼ等量のデータが出てきます。

illuminaライブラリー定量のstandardについて 削除/引用
No.7317-1 - 2018/10/16 (火) 14:07:03 - az
いつも勉強させていただいております。

illumina Miseqのライブラリー作成後の定量について
これまでKAPAのリアルタイムPCRキットを使っていましたが、
DNA standardが高すぎるので他のものを探しています。
(KAPAの酵素がたくさん余っているので)

takara のリアルタイムPCRキットに付随する
Z8325N DNA Standards for Library Quantification
が、半額ほどで良さそうなのですが、
takaraに問い合わせたところ、「他のキットでの使用はできません」、
とのお返事でした。

DNA Standardsはillumina のアダプターをつけたDNAのけんだく液だと
理解しているので、使えるのではないかと思うのですが
高額なので試してみる勇気もなく、、

どなたか、使用したことがある、というような方や、
内容をご存知の方などいらっしゃいませんでしょうか？
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