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RNAを電気泳動するときに、RNAse対策をとる必要はあるか? トピック削除
No.7311-TOPIC - 2018/10/12 (金) 16:01:41 - 野獣洗米
RNAをin vitro transcriptionして、合成産物を電気泳動する際に、RNAse対策として、ゲルやTAEバッファーをオートクレーブする予定です。神経質になりすぎな気がするし、オートクレーブでRNAseって取り除けるのですか?

教えてください、なんでもしますから。
 
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No.7311-7 - 2018/10/16 (火) 19:47:53 - オイゴルァ!
ん?今なんでもするって言ったよね?

(無題) 削除/引用
No.7311-6 - 2018/10/15 (月) 18:59:02 - たろう
新しいニトリルグローブを着けて、
泳動槽をそれなりによく洗って、
MilliQ水で2回程濯いで、
綺麗そうなバッファを使って泳動すれば大丈夫です。
どの段階でもオートクレーブは不要です。

(無題) 削除/引用
No.7311-5 - 2018/10/12 (金) 20:24:49 - AP
あと、DNAを流すような非変性系ではRNAは二次構造を取るためにサイズが小さく見積もられたり、シャープにバンディングしないで、スメアや団子になるのが普通。面倒くさければ、サンプルのみRNAブロット用電気泳動の系に従い変性処理をしておくといい。ミニゲルレベルであれば、変性ゲルと遜色ない分離が得られる。

(無題) 削除/引用
No.7311-4 - 2018/10/12 (金) 20:21:18 - AP
単にチェックするだけなら、普通にきれいに洗浄した器具と、ふつうにきれいに調製した試薬類、ゲルで十分。

RNaseはオートクレーブじゃ完全には失活は困難と言われている。
やるなら、diethyl pyrocorbonate (DEPC) 存在下でしばらく放置してからオートクレーブ(余剰のDEPCを分解するため)するとか、オートクレーブできない器具はH2O2やブリーチ処理するとか、いろいろお定まりの方法はある。しかし、泳動くらいじゃ必要なし。

オートクレーブは汚れた水や缶内の汚れがエアロゾルとなって被滅菌物を汚すので、滅菌にはいいけど、汚染物質(RNaseやDNA, RNAなど)の不活性化には効かないばかりか、かえって汚れる。

(無題) 削除/引用
No.7311-3 - 2018/10/12 (金) 18:13:43 - おお
電気泳動する目的はなんですか?

全長切り出しが目的なら8M Ureaを含むPAGEを使うのでUrea存在化ということで心配はないでしょう。この場合はたいていはTBEです。

バッファー類はRNaseAなどのコンタミがあればRNaseAはオートクレーブでは失活はしないとされているので、RNAが分解されない環境が作れるとは理屈上いえない。だけどプラクティカルにはそれでも大丈夫だという話もあります。オートクレーブの汚染のされ方に左右される可能性もあるかもしれません。

RNaseAをバッファーから除く目的では、PVDF膜のフィルターでろ過するというのが一つの方法論です。

ゲルはもしアガロースだったら分子生物学用ならNuclease freeであることがたいていだと思います。使っている商品を確認してみてください。

染色(染色するなら)や泳動そうのコンタミもリスクとして高いのではないかとおもいます。

(無題) 削除/引用
No.7311-2 - 2018/10/12 (金) 17:59:14 - ***
泳動槽を洗って未使用のゲルとTAEを使えばオートクレーブしなくてもRNAのバンドは見えます。
100万円僕に寄付してください。

RNAを電気泳動するときに、RNAse対策をとる必要はあるか? 削除/引用
No.7311-1 - 2018/10/12 (金) 16:01:41 - 野獣洗米
RNAをin vitro transcriptionして、合成産物を電気泳動する際に、RNAse対策として、ゲルやTAEバッファーをオートクレーブする予定です。神経質になりすぎな気がするし、オートクレーブでRNAseって取り除けるのですか?

教えてください、なんでもしますから。

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