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蛍光の変化量(ΔF=F−F0) の正規化(ΔF/F0)の意味 トピック削除
No.7301-TOPIC - 2018/10/09 (火) 22:35:00 - patch
FRETなどの蛍光タンパク質を使って、カルシウム等のイオンイメージングを行っている学生です。

2波長の蛍光強度の比を用いたratio imagingに関して、基礎的なことで申し訳ないのですが、質問させて下さい。

ImageJでの解析の際、刺激後の蛍光の変化量(例:F530/F475の全てのスライス)からある刺激前の蛍光量(F0, 例:刺激前のF530/F475スライスの平均)を引き算をして(ΔF=F−F0)、F0で割って正規化(normalization)をし、ΔF/F0を算出するという操作をしています。

この時、「F0で割って正規化(normalization)をする」のは一体何故なのでしょうか。画像データの輝度を数値に落としたり(32 bitで計算)、ヒストグラムにしてΔFとΔF/F0を比較しても特に違いがわからず、「正規化」の意味がよくわからなくなってしまいました。単に、ΔF=F−F0を算出するのではなく、F0で割る意味を教えていただけないでしょうか。

どうか宜しくお願いいたします。
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.7301-4 - 2018/10/11 (木) 11:49:30 - patch
qq様

> = F_stim/F0 - 1
式を書き換えれば、シンプルに理解できましたね。

baselineの輝度の値を差し引いて、刺激による蛍光輝度の増減だけを取り出しているのだと理解できました。

どうもありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.7301-3 - 2018/10/10 (水) 10:02:02 - qq
出てくる値は、
ΔF/F0 = (F_stim - F0)/F0
= F_stim/F0 - 1      但し、F=Em530/Em475

Fは535の蛍光と475の蛍光の比なのだから、リガンドのCa結合率のような関数になる。
そうすると、
刺激したときのCa結合率のような値とレスティングのCa結合率のような値の比から1を引いている。1を引くのは、刺激がないときはレスティングと同じだから、1を引けば、刺激に応じて増減した値を拾い出せるからだろうかな、と思う。
問題ない感じ。

(無題) 削除/引用
No.7301-2 - 2018/10/10 (水) 09:19:36 - mon
想像ですが、「感度」補正では。

蛍光の変化量(ΔF=F−F0) の正規化(ΔF/F0)の意味 削除/引用
No.7301-1 - 2018/10/09 (火) 22:35:00 - patch
FRETなどの蛍光タンパク質を使って、カルシウム等のイオンイメージングを行っている学生です。

2波長の蛍光強度の比を用いたratio imagingに関して、基礎的なことで申し訳ないのですが、質問させて下さい。

ImageJでの解析の際、刺激後の蛍光の変化量(例:F530/F475の全てのスライス)からある刺激前の蛍光量(F0, 例:刺激前のF530/F475スライスの平均)を引き算をして(ΔF=F−F0)、F0で割って正規化(normalization)をし、ΔF/F0を算出するという操作をしています。

この時、「F0で割って正規化(normalization)をする」のは一体何故なのでしょうか。画像データの輝度を数値に落としたり(32 bitで計算)、ヒストグラムにしてΔFとΔF/F0を比較しても特に違いがわからず、「正規化」の意味がよくわからなくなってしまいました。単に、ΔF=F−F0を算出するのではなく、F0で割る意味を教えていただけないでしょうか。

どうか宜しくお願いいたします。

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