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NFκBの下流に関して トピック削除
No.7272-TOPIC - 2018/09/28 (金) 12:19:29 - heita311
この度はお世話になります。大学院で研究を始めて日の浅い者です。一点、ご教示いただきたいことがあります。説明足らずのところが多分にあると思いますが、読んでいただけるとありがたいです。

NFκBの上流の一つと考えているある因子AをKOしたら、NFκBの下流(HIFなどの他の転写因子を介しても含めて)と考えられている様々な因子のmRNA発現が下がることを確認しました。しかしiNOSのみ、有意なmRNA発現の減少は認めませんでした。

私が愚考した考えられる可能性は、
@もともとAがiNOSの発現に何らかの影響(未知)を及ぼしている
AもともとiNOSの発現に、Aを介したnegative feed backが存在する
BもともとiNOSの発現に、NFκBを介したnegative feed backが存在する

と考えたのですが、上記の否定や他に考えられ得る可能性等、ご教示いただけないでしょうか。

何卒よろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.7272-10 - 2018/09/29 (土) 10:57:17 - heita311
おお様

ありがとうございます。
無刺激の状態でも、WT軟骨細胞と比しKO軟骨細胞では、iNOS以外の発現は有意に低下していました。具体的には、IL6, MMP13, ADAMTS4,5です。

お力をお借りして申し訳ありません。
有難いかぎりです。。

(無題) 削除/引用
No.7272-9 - 2018/09/29 (土) 03:04:48 - おお
無刺激でWTとKOの間で差がないかどうかです。Aが欠損したのを補う機構が存在して(A欠損で細胞が維持される過程で)それが恒常的iNOSの発現をおし上げている可能性です。

その場合は見かけ刺激後WTとKOの間で差がなくても、発現上昇率で見ればKOのほうが弱いのかもしれません。

フィードバック機構はあるかもしれませんが、書かれてある文ではどのようなものを想定しているのかイマイチ個人的にはピンと来ません。ちょっと書きかけたのですが、ま、ちょっともう少し考えてみます。

(無題) 削除/引用
No.7272-8 - 2018/09/29 (土) 01:57:47 - heita311
おお様

ありがとうございます。実験の情報の補足です。
同腹のWTマウスから同様に得た軟骨細胞と比し、因子AのKOマウスの軟骨細胞において、刺激下でのIL-6やMMP13など他多数のmRNA発現が有意に低下したのですが、iNOSは有意な低下は認めませんでした。

>もしそうだとすれば、ベーサルにiNOSがあがっているために発現誘導は弱いがコントロールに比べると同じぐらいという可能性はないですか?

私の勉強不足で大変申し訳ありません、せっかくご教示いただいた上記内容の意味がしっかりと理解できません。。ベーサルにというのは刺激なしの状態でということでしょうか。つまり、刺激下で末梢のmRNA発現にKOに起因する差が出てくるはずなのに、与えた刺激が十分ではないためにWTと差が出ていないのではないか、ということでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.7272-7 - 2018/09/28 (金) 23:46:45 - おお
もしそうだとすれば、ベーサルにiNOSがあがっているために発現誘導は弱いがコントロールに比べると同じぐらいという可能性はないですか?

(無題) 削除/引用
No.7272-6 - 2018/09/28 (金) 23:43:41 - おお
>軟骨細胞はwhole body KO miceから採取した細胞

何に対して減少しているのでしょうか?正常またはヘテロのマウスから同じように得た細胞でしょうか?

(無題) 削除/引用
No.7272-5 - 2018/09/28 (金) 16:00:15 - heita311
mon様

ご返信、誠にありがとうございます。
軟骨細胞はwhole body KO miceから採取した細胞ですので、恒常的な欠失です。
実験に使用した細胞もその都度ウエスタンで欠失していることを確認しています。

(無題) 削除/引用
No.7272-4 - 2018/09/28 (金) 15:08:40 - mon
時系列も考えた方が良いかもしれません。
KO直後は下がっていたが、何らかの代償機構(とくに生存バイアス)により培養過程で通常レベルに戻った。
KOは遺伝子破壊等の恒常的なものですよね?

(無題) 削除/引用
No.7272-3 - 2018/09/28 (金) 14:06:30 - heita311
おお様

ご返信、誠にありがとうございます。

NFkBが十分に活性化するよう、刺激は十分に加えた状態で検証しています。
軟骨細胞なのですが、iNOSの発現にNFkBが関わっているという報告はあります。

そもそもAがNFκBに関与していない可能性も考えましたが、他の実験dataをみましてもそれは考えにくい状況です。。

(無題) 削除/引用
No.7272-2 - 2018/09/28 (金) 13:27:25 - おお
あなたの実験系において、iNOSの発現にAやNFκBが関与していない。

あなたの細胞において十分にiNOS発現を誘導するほどNFkBが活性化していない(もし通常の刺激なしの状態で見ていればiNOSが誘導されているとは言えず、生理的にあまり意義がない発現レベルで実験をしていないかどうか)。

NFκBの下流に関して 削除/引用
No.7272-1 - 2018/09/28 (金) 12:19:29 - heita311
この度はお世話になります。大学院で研究を始めて日の浅い者です。一点、ご教示いただきたいことがあります。説明足らずのところが多分にあると思いますが、読んでいただけるとありがたいです。

NFκBの上流の一つと考えているある因子AをKOしたら、NFκBの下流(HIFなどの他の転写因子を介しても含めて)と考えられている様々な因子のmRNA発現が下がることを確認しました。しかしiNOSのみ、有意なmRNA発現の減少は認めませんでした。

私が愚考した考えられる可能性は、
@もともとAがiNOSの発現に何らかの影響(未知)を及ぼしている
AもともとiNOSの発現に、Aを介したnegative feed backが存在する
BもともとiNOSの発現に、NFκBを介したnegative feed backが存在する

と考えたのですが、上記の否定や他に考えられ得る可能性等、ご教示いただけないでしょうか。

何卒よろしくお願いいたします。

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