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(無題) 削除/引用 No.7260-4 - 2018/09/26 (水) 02:47:26 - おお ＞Primer3ベースなのですね うん

(無題) 削除/引用 No.7260-3 - 2018/09/25 (火) 21:44:40 - S おおさん ありがとうございます。 NCBI上で作るプライマーの性能はどうかと思っていたのですが、 Primer3ベースなのですね（先ほど気づきました）。 これなら今までPrimer3を使っていた安心感もそのままでNCBIを使えると思いました。

(無題) 削除/引用 No.7260-2 - 2018/09/25 (火) 14:07:21 - おお https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/index.cgi ここでExon/intron selectionのところのExon junction spanで Primer must span a exon-exon junctionを選ぶと片方のプライマーは必ず２つのエクソンの境目を含むプライマーを設計してくれます。

Primer3でのエクソンジャンクションの指定とプライマー設計 削除/引用 No.7260-1 - 2018/09/25 (火) 12:50:15 - S いつも勉強させていただいております。基本的な質問で恐縮です。 標記の件ですが、リアルタイムPCR用のプライマーを作成するのにPrimer3 plusを使用しております。 PCR試薬は、Syber green系です。 なるべく異なるエクソンをまたいでプライマーペアを作りたいのですが、 Primer3でそのような指定はできますでしょうか。 狙いたい配列をExcludeしたりIncludeすることや、プライマー配列自体をジャンクションにまたがせる指定もわかっております。 基本的なところ恐縮ですが、教えていただけると助かります。 また併せて恐縮ですが、NCBIのpick primerの機能を使うと、 このような指定ができるようでした。 もしプライマー設計にNCBIを使われている人がおりましたら、 その感触（感覚的な性能）をご紹介いただけませんでしょうか。 他にもおすすめのサイトがあれば情報をいただけると大変助かります。 どうぞよろしくお願いいたします。

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