Bio Technical フォーラム

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shRNA design トピック削除
No.7254-TOPIC - 2018/09/23 (日) 15:48:41 - おお
UTRをターゲットにしたshRNAを作りたいとき、Web Toolなどでデザインさせて、３’UTRと５’UTRで同じぐらい高いスコアが出てきたとします。みなさんならどちらを選びますか？
　
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(無題) 削除/引用
No.7254-2 - 2018/09/24 (月) 11:27:22 - toto
昔は3'UTRを良く使ってましたが、制御に関わるために高次構造を作りやすいという話で、ORFに極力選ぶようにしていて、5'UTRをターゲットとして設計したことはおそらく一度も作ったことがないです。ただ、そういう理屈からいえば、いい配列さえあれば、5'UTRは高次構造はとらないような気がするので、5'にするかもしれません。だけど、今までの星取り表からみると3'UTRもORFもスコアさえ高ければ外してないので、あまり悩むことはないような気もします。

shRNA design 削除/引用
No.7254-1 - 2018/09/23 (日) 15:48:41 - おお
UTRをターゲットにしたshRNAを作りたいとき、Web Toolなどでデザインさせて、３’UTRと５’UTRで同じぐらい高いスコアが出てきたとします。みなさんならどちらを選びますか？
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