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(無題) 削除/引用 No.7243-8 - 2018/09/19 (水) 16:34:25 - おお ＞DNAのladderを使うことで、RNAとの間には単純に2倍塩基量にならない その通りです。 そうめんの太さなら通り抜けそうなざるで、そうめんをこしても、うどんをこしても、よほどそうめんが短くない限り、両者ほとんどざるを通らないでしょう。 言いたいことは長さが問題で1.9kbｐのDNAも1.9kbのRNAも長さが変わらない。正し移動度の違いは微妙にでる。 そうめんが余裕で通るすかすかのざるでゆでたそうめんと乾燥したゆでる前のそうめんをこすと、乾燥したそうめんはそう簡単にざるからとおらない。DNAは構造に制限があるけどRNAのほうがフレキシブルだからアガロースの間をすり抜けやすい。 最後にｓｓDNAとｓｓRNAでも電気泳動の移動度がちがう。

(無題) 削除/引用 No.7243-7 - 2018/09/19 (水) 15:28:43 - AP 私がふだんやってることとして、 TAE系の非変性ゲル電気で移動でも、あらかじめフォルムアルデヒド変性ゲル泳動法にしたがってRNAサンプルのフォルミル化処理だけしてから泳動するとかなりシャープにバンディングします。このとき普通の（変性していない）DNAマーカーを流しておくと、rRNAの鎖長とDNAマーカーの鎖長に大きな齟齬はないように見えます。 ついでにいうと、rRNAは二次構造、高次構造を作ってリボゾームの部品になるのが仕事ですから、mRNAなんかよりはるかに二次構造を取りやすい、というか二次構造を取るべく分子内塩基対が配置されているわけで。 それと、生物種によって（ショウジョウバエとかげっ歯類のなかまとか）は28S rRNAが分子内塩基対形成をしてから、自発的に切れる部分があるのがあって（でも分子内水素結合で高次構造は保たれる）、そういうのは変性して流しても完全長とはことなる位置にバンドが出ます。

(無題) 削除/引用 No.7243-5 - 2018/09/19 (水) 14:08:16 - AP 非変性条件でRNAマーカーを使っても、RNA分子ごとにどんな二次構造をどの程度、作るのかによって嵩高さはナンボでも変わるので、比較になりません。

(無題) 削除/引用 No.7243-4 - 2018/09/19 (水) 14:05:46 - AP 基本に従えば、変性ゲルでRNAサイズマーカーと泳動しなければ正しいサイズは求まりません。 また、非変性ゲルで非変性RNAを流してもバラバラな二次構造を取るのでシャープに流れません。 核酸のアガロースゲル電気泳動は分子量で分離されているわけじゃないってことを忘れないように。DNA, RNAは分子量（塩基長）と電荷が常に比例関係なので、分子ふるいがなければ鎖長に関係なく同じ易動度を示します。 それが鎖長ごとに分離できるのはゲルの分子ふるい効果によります。 つまり鎖長の長さ（あるいは嵩高さ）と分子ふるいのくぐり抜けにくさの相関で分離されるのです。MSのように分子量そのものでふるい分けているのではありません。だから同じ分子量でも二次構造のとり方によって嵩高さが変わってしまい、そこからサイズなんか求まらないのです。 さて、その上でご質問の回答、 二重鎖DNAも一本鎖RNAも分子量と電荷の比例関係は一緒です。 ですから分子ふるいがなければ両者鎖長に関係なく同じ易動度です。 上記のように、分子ふるい中では分子量で分けられるのではなく鎖長（嵩高さ）によって分けられます。その点については（二次構造の影響がなければ）一本鎖でも二重鎖でもあまり変わりません。　一本鎖の1 kbが二本鎖の1 kbよりゲル電気泳動での易動度が２倍なんてことはないのです。

(無題) 削除/引用 No.7243-3 - 2018/09/19 (水) 13:38:52 - mon 同じ長さの一本鎖DNAとRNAでも微妙に泳動度は変わります。 DNAだって、一本鎖と二本鎖で泳動度は変わります。 OC/CCさんが指摘していますが、RNAは変性状態でないと分子内アニールで二次・三次構造を形成するので、変性状態と未変性状態でも泳動度は変わります。 だからRNAマーカーがあるのです。

(無題) 削除/引用 No.7243-2 - 2018/09/19 (水) 13:15:05 - OC/CC プラスミドも形態で泳動距離変わるように、RNAもステムループの形で変わるんじゃないでしょうか。

total RNAの電気泳動 削除/引用 No.7243-1 - 2018/09/19 (水) 13:04:25 - ハナムラ ラットの臓器から抽出したTotal RNAを1%アガロールゲルで電気泳動しております。 強く検出されるrRNAの28S,18S（と思われる）の２本のバンドが、gene ladder markerと比較すると2.3kbp, 1.2kbp付近に見られます。 １本鎖ということを考えると、4.6kb、2.4kbくらいになるのかと思いますが、よく拝見する18Sの大きさは1.9kbとなっており、ややズレているように感じます。 DNAのladderを使うことで、RNAとの間には単純に2倍塩基量にならない、いくらかのbiasがかかってくると考えられるでしょうか？ どうぞ、よろしくお願い致します。

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