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(無題) 削除/引用 No.7225-7 - 2018/09/14 (金) 21:40:27 - 猫鮫 UCSCからダウンロードしたもので行ってみたところ、上手くいきました。 また、mm10を確認したところ、皆さまが仰られる通り染色体末端ではNが連続していましたが、その領域以外にACGTの配列が確認できました。 ご回答くださった皆様、ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.7225-6 - 2018/09/14 (金) 12:02:58 - MTP 「マッピングをした結果できなかった」のではなく、「全てNに見えたため、マッピングを行っていない」ということでしょうか。 seventhさんの仰る通り、どのサイトのリファレンスゲノムでも染色体末端はNが連続していると思います。 これはかなりの長さになります(mm10のChr1ならば頭からちょうど3mb)ので、目視で確認されたことで勘違いされたのではないでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.7225-5 - 2018/09/13 (木) 17:14:45 - qq どうせリファレンスなのだから、どこのFTPのどのファイルか明示しましょうよ。

(無題) 削除/引用 No.7225-4 - 2018/09/12 (水) 17:49:47 - 猫鮫 解答ありがとうございます。 FASTAファイルは挙げて頂いたサイトでダウンロードしたものです。アノテーションファイルなども同じサイトからダウンロードしています。 先程もう一度lessコマンドで開いて配列を見てみたのですが、ほぼNの繰り返しの中に稀にACGTの配列が現れるのですが、リファレンスゲノムの配列はそのようなものが一般的なのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.7225-3 - 2018/09/12 (水) 15:43:27 - seventh テスト用ということでしたらIlluminaのiGenomeでモデル生物リファレンスが1式ダウンロードできます。 http://jp.support.illumina.com/sequencing/sequencing_software/igenome.html Nしかないとのことですが、単に未確定であるかリピートがマスクされているだけではないでしょうか。染色体両端についてはよくそういうことがあります。

(無題) 削除/引用 No.7225-2 - 2018/09/12 (水) 14:31:49 - MTP そのfastaファイルはどのようにダウンロードされましたか？ ちなみに私はGENCODEやNCBIを用いたことはないですが、いつもはEnsembl(https://asia.ensembl.org/info/data/ftp/index.html)やUCSC(mm10ならhttp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/)からダウンロードしています。 Chromosomeの書き方にも違いがあるため、アノテーションファイルも同じところから持ってきた方が良いです。

RNA-Seqのリファレンスゲノムについて 削除/引用 No.7225-1 - 2018/09/12 (水) 12:44:58 - 猫鮫 現在ナノポアシークエンサーの導入を検討しており、その解析の練習として公開されているデータを使用してゲノムのマッピングなどを行っております。 ゲノムマッピングの際に使用するリファレンスゲノムのFASTAファイルをGeneCodeやNCBIなどからダウンロードしました。しかし、どのサイトでダウンロードしたものでもLinux上でlessコマンドで閲覧すると、配列が全てNになっており、マッピングが出来ない状態です。 どのようにしたら正常なリファレンスゲノムが得られるのでしょうか？ Linuxを使うのも、こういった遺伝子解析においても初心者ですので、詳しい方がいらっしゃるようでしたら、ご教授願います。

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