Bio Technical フォーラム

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細菌ゲノムの比較(アライメント) トピック削除
No.7207-TOPIC - 2018/09/06 (木) 14:30:08 - 新井 面人
バイオ(wet)系の修士2年生です。

近似する種の細菌ゲノム、もしくは同種異株の細菌ゲノム、のユニーク領域
を確認したいと考えてます。

clustalWのアライメントでは、容量オーバーとなってしまいます。


細菌ゲノムレベルでアライメントが可能なフリーサイトがあれば教えて下さい。
(私自身はプログラミング知識がないため、自分でツールは作れません。)

所属している小規模研究室内で、分かる人が居なかったため、
こちらにて質問させて頂きました。

よろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.7207-5 - 2018/09/11 (火) 09:56:22 - 通りかかり
これとか

http://kazumaxneo.hatenablog.com/entry/2017/06/23/122010

(無題) 削除/引用
No.7207-4 - 2018/09/10 (月) 20:21:25 - 新井 面人
>おお さん
>seventh さん


参考情報の書き込み、ありがとうございました。

コマンド技術を身に付けずに、ゲノムレベルの解析をしようというのは、
虫のいい話というやつだったかもしれません。

急がば回れで、基本的な事は知っている必要性を感じました。
(修論のまとめとの関係で、余裕がないため、お尋ねした次第です。)

(無題) 削除/引用
No.7207-3 - 2018/09/07 (金) 10:16:17 - seventh
ゲノム比較だとmumer
シンテニー領域解析だとsyMap
とかでしょうか。どちらもコマンドライン操作が必要なので簡単ではないですが。

(無題) 削除/引用
No.7207-2 - 2018/09/06 (木) 17:14:01 - おお
http://www.mbio.ncsu.edu/Bioedit/page2.html
これどうだろ。最近はそういうのしてないから実際のところはよくわからんのだけど。

細菌ゲノムの比較(アライメント) 削除/引用
No.7207-1 - 2018/09/06 (木) 14:30:08 - 新井 面人
バイオ(wet)系の修士2年生です。

近似する種の細菌ゲノム、もしくは同種異株の細菌ゲノム、のユニーク領域
を確認したいと考えてます。

clustalWのアライメントでは、容量オーバーとなってしまいます。


細菌ゲノムレベルでアライメントが可能なフリーサイトがあれば教えて下さい。
(私自身はプログラミング知識がないため、自分でツールは作れません。)

所属している小規模研究室内で、分かる人が居なかったため、
こちらにて質問させて頂きました。

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