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APさんへ 削除/引用 No.7201-9 - 2018/09/05 (水) 18:20:28 - mm APさん、ご返信ありがとうございます。 研究初心者なので、あまり詳しくありませんでした。勉強になります。 > でも、多くの場合、本来の開始コドンを潰すと、他のMetから翻訳されることも多いので。 知りませんでした・・・ とにかく、アミノ酸置換をやってみて結果から考察する必要がありそうですね。 ありがとうございます。

おおさんへ 削除/引用 No.7201-8 - 2018/09/05 (水) 18:11:46 - mm おおさん、ご返信ありがとうございます。 恥ずかしながら、分子生物学について詳しくないため、これらの予測ツールは初めて見ました。 早速使ってみます。 取り急ぎお礼まで。

(無題) 削除/引用 No.7201-7 - 2018/09/05 (水) 18:11:24 - AP よくやるようにAla置換が無難かなあ。側鎖見た印象だと、IleとかLeuが案外近いかもしれない。 本来の開始コドン（例えば今回の2nd Met)が潰れたために、使われないはずの開始コドン（1st Met)から翻訳されるというストーリーもありえます。でもその場合、小胞体に入らないとかシグナルが切れないとか変なことが起こるかもしれない。そしたら好都合でその転写開始は偽という証明になりましょう。 翻訳産物が検出できない場合はたしかに、解釈にスキがある。 でも、多くの場合、本来の開始コドンを潰すと、他のMetから翻訳されることも多いので。

しおりんさんへ 削除/引用 No.7201-6 - 2018/09/05 (水) 18:07:07 - mm しおりんさん、ご返信ありがとうございます。 サルにおいては1st ATG, マウスにおいては2nd ATGなど、様々な種で、1st ATG からか 2nd ATG からかはバラバラです。 ただ、1st ATG からの配列が登録されている種でも、2nd ATG は存在していました。 しかし、2nd ATG からの配列が登録されている種においてその5'上流にATGが存在しているかは確かめたことがありませんでした。 確かめてみます。ありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.7201-5 - 2018/09/05 (水) 17:47:17 - おお ttp://atgpr.dbcls.jp/ ttp://dnafsminer.bic.nus.edu.sg/Tis.html ttp://www.cbs.dtu.dk/services/NetStart/ Prediction とか役に立たないかな。

APさんへ 削除/引用 No.7201-4 - 2018/09/05 (水) 17:11:27 - mm APさん、早速のご返信ありがとうございます。 私も内心2nd ATGが優位というか、メインであると考えています。 シグナル配列についてですが、おっしゃる通りです。 1st ATG からですとシグナル配列は40aaを超えます。2nd ATG からだと、それでも長いですが20aa後半です。SignalP 4.1 で配列を解析したところ、1st ATGからですと前半のS-scoreが低く、2nd ATGからの配列の方がよりシグナル配列らしさを感じます。また、疎水性コアも2nd ATGの後に位置しています。 1st Met のアミノ酸置換については私も考えておりましたが、ある程度安定したタンパク質として発現されないのか、それとも翻訳されないのかの判断を行うことが難しいのかな、と考えました。 しかし実験的に確かめるにはそれくらいしかないですよね・・・ ありがとうございます。 もしご存知でしたら教えていただきたいのですが、Metを別のアミノ酸に置換するとして、何が好ましいのでしょうか。 似た性質を持ったアミノ酸である方がよいのかなと考えていますが、中性アミノ酸というくくりでは多すぎるため、どれがよいのか分かりません。

(無題) 削除/引用 No.7201-3 - 2018/09/05 (水) 16:49:24 - しおりん 近縁種におけるオルソログの配列が参考になるのでは？

(無題) 削除/引用 No.7201-2 - 2018/09/05 (水) 16:46:19 - AP たぶん先のMetからは翻訳されてない印象。 ふつうシグナル配列って、開始コドンから20 aa残基程度の疎水性ストレッチですよね。さらに上流51 nt, 17 aaとなると40 aa近くなりますが、長すぎじゃないですか？　その間のアミノ酸配列のhydropathyなどの特徴はどうなっていますか？ 2nd Metを別のアミノ酸に置換して培養細胞で発現させてみるとかはできないのかな。ひょっとすると、発現はするけどシグナルが切断されないとか、localizationがおかしくなるとかあるかもしれない。

翻訳開始点の決定 削除/引用 No.7201-1 - 2018/09/05 (水) 15:46:07 - mm いつもお世話になっております。 私が研究対象としているタンパク質では、開始コドンとされているATGの51塩基下流にもう一つATGが存在しています。 どちらが主な翻訳産物か知りたいと考えましたが、このような場合通常どのような方法をとるのでしょうか。 ただ、これら2つのATGはどちらもN末シグナルペプチド上に位置しています。翻訳後除去される領域であるため、エドマン分解によるN末解析では分かりません。 つまり、タンパク質配列で言うと Met・・・Met・・・Ala・・・・・ (Alaはシグナルペプチド切断部位直後であり、成熟タンパク質のN末端) このようになっています。 すでに1st ATGをつぶしたコンストラクトを作製しており、HEK293にて発現することを確認しています。 しかし、2nd ATG からの翻訳が存在することは分かりましたが、1st ATGからの翻訳が存在するか、またその割合などは分かりません。 ちなみに、1stは cacATGA, 2ndは tcgATGA ということで、どちらもkozak配列ではありません。 何か良い方法をご存知でしたら、ご教授くださると助かります。

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