リアルタイムPCRでのSNP検出を予定しています。
そこで、プローブを設計しているのですが、目的SNP付近のGC含量が低く、Tm値を68℃くらいにもっていこうとすると30mer程度になってしまいます。
そこで以下2点について、皆さんの知恵をお借りできないでしょうか。
@SNPタイピングにおけるプローブの長さについて
30merという長さはSNPタイピングにおいてはどうなんでしょうか。そもそも最適な長さが調べても出てこず。。
1/30程度の変異でしたら結構結合してしまいそうな気がしているのですが。
AMGBプローブのTm値計算方法について
MGBによって20mer以下でTm値70℃が実現できるとメーカーのうたい文句にはありますが、実際どれくらいの長さで設計してよいのか分かりません。
もし、MGBを考慮したTm値の計算方法がありましたら教えていただけないでしょうか。
SNPタイピングどころかTaq manプローブ法が初めてで、もしとんちんかんなことを言っていたら申し訳ありません。
よろしくお願いいたします。 |
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