Bio Technical フォーラム

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なぜ「8」なのでしょうか。 トピック削除
No.715-TOPIC - 2012/07/05 (木) 16:42:31 - 匿名希望
なぜ、PCRは「8」連チューブで、行うのでしょうか。
ピペットチップも8列ずつ並んでいます。
電気泳動のコームも、8の倍数になっています。

なぜ、5の倍数ではないのでしょうか。熱伝導性などが関係しているのでしょうか。

初歩的な質問ですが、どなたかご教示ください。
 
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テーマを変えるのであれば、トピックを分けた方がいいのでは 削除/引用
No.715-14 - 2012/09/21 (金) 15:48:58 - ~
数年前の日経サイエンスの記事で、
「サイレント変異が病気の原因になっていることを示す例がたくさん報告されている」
と書かれているようです。
http://www.nikkei-science.com/page/magazine/0909/200909_050.html

この記事の引用文献や、同じ著者が書いている論文で引用している文献には、サイレント変異と病気の関係を解析したものがあるのではないでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.715-13 - 2012/09/21 (金) 14:52:27 - cu
NCBIのSNPデータベースに行くと、それぞれの人種における当該SNPの頻度が記載されていますよね。いずれにしても正常コントロールの結果によると思います。

ご回答ありがとうございました。 削除/引用
No.715-12 - 2012/09/21 (金) 13:22:49 - 匿名希望
大変よく理解できました、ご回答誠にありがとうございました。

さて、「8」のことはひとまずおいておきまして、ある疾患群のサンプルをつかって、ある遺伝子をPCRして、そのPCR産物をシークエンスしました。結果、その遺伝子の中のあるエクソンに、あるサイレント変異がかなりの頻度でみられました。例えば、疾患群10人中7人くらいの割合です。

サイレント変異が高頻度でみられることはよくあるのでしょうか。
今後のストラテジーとしては、健常者のサンプルも集めて、同様にある遺伝子をシークエンスして、上記サイレント変異がどのくらいの割合でみられるかみればよいのでしょうか。

もちろん、遺伝子によってサイレント変異の意味は違ってくると思いますが、一般的なことを教えて頂けますでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.715-11 - 2012/08/31 (金) 22:32:42 - yoi
とても良い質問です

外人の名前が文字化けの原因? 削除/引用
No.715-10 - 2012/08/31 (金) 17:47:17 - ~
1950年代に96ウェルプレートが発表されているようです。
http://www.biotek.com/resources/docs/Necessity_is_the_mother_of_invention_GIT-Verlag.pdf

PCRの発表は1987年ですので、後発技術として先発技術用の機器が使える規格にしたのではないでしょうか。

96ウェルプレートの設計理由は上記のリンク先に書かれている雑誌に載っているのかもしれませんが、ハンガリー語で書かれているうえに、オンラインには載っておらず、NACSISでは日本に蔵書すらないようです。

(無題) 削除/引用
No.715-8 - 2012/08/31 (金) 16:23:35 - シリウス
このトピックと関係しているか分かりませんが、脳での記憶や理解に、4の倍数が適していることと関係しているのかも知れませんね。

クレジットカードの4つの数字の組み合わせも、この理由だと聞いたことがあります。

実際に、私の場合、3つの数字の組み合わせよりも、4つの数字の組み合わせの方がしっくりきます。

皆さんはどうでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.715-7 - 2012/08/31 (金) 13:54:50 - むかしびと
昔は〜連とかはなく、PCRもそれ用の1本のチューブで行っていました。
シークエンスという技術ができ、当時はAGCTそれぞれを1本ずつPCRで反応させて1レーン1ヌクレオチドでゲルに流して染色し、4レーン一組でバンドを上から順に目で読むことで配列を決定していました。
古い古い教科書にはゲルの写真があるかも…。
そのときにチューブが4つ(の倍数)ずつだと楽だなぁということで開発(?)されたのです。

わかりにくい説明ですいません;

(無題) 削除/引用
No.715-6 - 2012/07/05 (木) 21:52:26 - Harmonia
フィルムカメラが36x24mmでしたね。だから3:2なのかな?

電気泳動のコームが8というのは、変ですね、
8連ピペットでサンプルをアプライするなら。
マーカーはどうやって乗せましょう?

テラサキプレートは10ですね。

余談ですが...
僕は24本がけの遠心機にチューブを5本とか7本とかをかけるのが好きです。
昔は16本がけが多かったような気がします。

そうそう、この間、子供の数学の問題を見ていて発見しました。
円に内接する正三角形を作る方法。
コンパスと、定規(目盛が無くてもよい)でできます。
簡単なんだから、6の倍数の遠心機を早く作ってくれれば良かったのに。

(無題) 削除/引用
No.715-5 - 2012/07/05 (木) 21:27:00 - ンンノ
96ウェルの培養プレートが基本になってるんじゃないでしょうか。
上流の実験からラボラトリーオートメーションに対応させやすいように規格化
された結果のような気がします。

(無題) 削除/引用
No.715-4 - 2012/07/05 (木) 18:12:45 - AP
PCRに限らず、マルチチャンネルピペットに限らず、サンプル数の単位(バッチ)がどういう基準で決まっているかというと、
ひとつには、遠心機の架数は重要なポイントで、バランスのため偶数が良くて、本数の増減にも対応しやすい6や8の倍数になっているんですね。
5本単位なんてかえって面倒です。
それと、マルチウェルプレート、ピペットチップラック、などを見て分かるように縦x横が2:3になっていますよね。これはなんで、1:1 (たとえば8x8、12x12)とか1:2(たとえば8:16)じゃないんでしょうか。多分ですが、これは欧米の美意識の根本にある黄金比が関係しているのではないでしょうか。
かつてのディスプレーの画角も(最近は横長になってきていますが)おおよそこの比率でしたし、スライドを作るときには2:3の比率で無駄なくぴったり収まるように作図するように指導されたもんです。

(無題) 削除/引用
No.715-3 - 2012/07/05 (木) 17:13:17 - 6
たぶん、2x3の6、が基本なんだと思う。
6、12、24、48、96、384

Wellを、長方形に配置する時に、
24(2x2x2x3)以降は、8の倍数にもなっているだけだと。

ちなみに12連チャネルピペットマンもあります。

(無題) 削除/引用
No.715-2 - 2012/07/05 (木) 16:52:57 - qq
96ウェルプレートを見よ。

なぜ「8」なのでしょうか。 削除/引用
No.715-1 - 2012/07/05 (木) 16:42:31 - 匿名希望
なぜ、PCRは「8」連チューブで、行うのでしょうか。
ピペットチップも8列ずつ並んでいます。
電気泳動のコームも、8の倍数になっています。

なぜ、5の倍数ではないのでしょうか。熱伝導性などが関係しているのでしょうか。

初歩的な質問ですが、どなたかご教示ください。

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