やれば、だいたい検討はつくと思いますが、微妙かと
HumanのA細胞株と、mouseのB細胞株を比較するとして、
そもそも、GAPDHにしろ何しろ内因性コントロールの発現が、同じであるという保証ができないからです。
あと、種が違えば、Primer配列も違って、増幅効率も違うので、やはり比較できません。相同性高ければ、同一配列のPrimer設計することも不可能じゃないですが、それでも増幅効率が同じとは言えないです。
本当に証明するなら、RNAseqやCAGEseqで、mRNAの全体に比して示せば、説得力が上がると思いますが、コストが…です。
ただReviewerも、基本無理だと言うことは承知なので、同じ臓器由来の細胞株であれば内因性コントロールに比してという、割り切った主張をすれば、理解は得られるかもしれません…、無理かな…、くらいです。
むしろ、mouseの脳の細胞株とmouseの皮膚の細胞株を、比較するという方がNGです。すでに臓器別に内因性コントロールの発現が、結構違うということが知られているからです。
例えば、Human肺癌の細胞株を集めて、ある内因性コントロールに比した発現を見るというのは、同じ種同じ臓器由来であれば、おおよそ内因性コントロールの発現も同じだろうという前提のもと、ある程度受け入れられてると思います。
既存のDatabaseにある、各臓器別の発現量等は、RNAseq、CAGEseq、EST等々、mRNAの総量に比した結果がまとめられたものです。（これも微妙な点あるのですが、単一の内因性コントロールに比べれば、信頼性高いとされてます。）
やるならΔCTじゃなくて、StandardCurve作ってRelativeStandardでやった方が良いですよ。 |
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