全3件 ( 1 〜 3 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.7093-3 - 2018/07/24 (火) 10:19:06 - seventh 別の方法(qPCR等）で別のbiological replicateに対して同様な傾向がでるなら問題ないですし、大抵の場合RNAseqデータだけで傾向ではなく細かい機構を述べると査読の時点でいろいろ言われると思います。 また、RNAseqは正規化や検定の方法によってDEGは結構ばらつきます。正規化後にクラスタリングを行ってコントロール群と変異群が別のクレードに分かれることぐらいは確認したほうが良いと思います。

(無題) 削除/引用 No.7093-2 - 2018/07/21 (土) 15:09:51 - おお >1回目はコントロール群３に対して変異群３ 一匹ずつRNAseqにかけた？ ＞３回目のデータ 一回目と２回目のデーターの解説しか出てこなかったけど、３回したの？ ＞データを統合すると 詳しくは分からないのだけどどうやって統合したの。 まあ解釈が成り立ちそうな結果の検証をｑPCRなどでやってそのとおりならそれはある程度選んだ根拠になりそうだけど。 三回のうち１回だけ有意にあがってるケースでもすべてで上昇傾向があるなら（上昇の程度にもよるかもしれないけど）、可能性はあるだろうしそういう意味での線引きを何処でやるかなども考えたらいいかもしれない。さすがに一つはさがって、一つは同じぐらいで、一つはあがっているとかなるとどうかと思うけど。 加えて発現があがるとか下がるとかどちらでもよく乱れるといえる場合は意味がある可能性が指摘できるというスタンスでデーターをみることもあるようです。 しかしいつもこの手のデーターの取り扱いで思うのだけど、解釈が成り立つということは既知の事実を確認したような感じで、うん万のデーターを回収してそれだけなのかと思ってしまうことがある（というのは質問者に言っているのではなく、なんとなくそんな論文があったりするようなと思ったりもするのです）。

複数回のRNAseqの結果の取捨選択 削除/引用 No.7093-1 - 2018/07/21 (土) 14:08:16 - EP 私自身の実験ではないのですが、所属するラボで２回RNAseqを行った結果の処理についての質問です。 マウスの脳から特定の細胞を分離してRNAseqを行いました。1回目はコントロール群３に対して変異群３、２回目はコントロール群５に対して変異群５でした。 基本的に同様の条件の元で実験を行っているはずですが、解析を行うと、有意に変化している遺伝子がかなり異なる（アバウトな表現ですみません）ことが分かりました。 ２回目のデータ単独で見た方が、論文のストーリーとしてはすっきりするだろうという印象です。 ３回目のデータを統合すると、解釈が付きにくい結果になったのですが、３回目にあきらかな失敗、サンプルの誤りなどもないのにもかかわらず、２回目のデータのみを採用するということは、研究倫理的に問題はないのでしょうか？（問題があると思うのですが） 私を含め周りにRNAseqの解析に精通していると思われる人はおりません。プロにコンサルトすべきだと思いますが、直接自分の実験では無いため、現時点ではあまり積極的に動いていません。どのような処理までが許されるのか、考えるべきことなど、ご意見などをお聞かせ願いませんでしょうか？

全3件 ( 1 〜 3 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する 名前  メール  　アドレス非公開    タイトル  本文       設定  クッキーを保存（次回の入力の手間を省けます） 上に上げない（トピックの一覧で一番上に移動させません） 解決（問題が解決した際にチェックしてください） 暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。 送信

---

〔使い方〕 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。

---