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(無題) 削除/引用 No.7092-14 - 2018/08/06 (月) 11:47:31 - asan 真面目にやるならPhysonとかC言語とか色々必要だと思いますが、ぶっちゃけバイオツールとして用いるなら初心者はまず Rで統計解析や大規模データを処理できる能力が役に立ちます。 その上でノウハウを習得するなら、NCBI等からサーバーにアクセスしてNGSデータやRNAseqデータ等を抽出して自分や研究者が求めてるような情報処理をサクッと行える能力があるかどうかでしょう。 以上ができる様になって、初めて機械学習等の高度な処理でデータ処理ができれば重宝されると思いますが、この辺は自分で1からアルゴリズムを作るよりも、過去の解析方法を取り入れるとか、逆に言えばどういうデーアがあればどういう解析が現実的かなどの解釈も必要になるので、プログラマーが単になんでもプログラムできますというのとは違う実務が求められます。ま、ここまでできるならもはやテクニシャンよりもポスドクレベルでも重宝されるケースも多いかと思いますけどね。

(無題) 削除/引用 No.7092-13 - 2018/07/26 (木) 02:08:45 - 橘 今からでもやる気があれば問題ありませんし、共同研究者に頼んだりツールに任せるにしても、検索の仕方、機能の探し方、依頼の仕方、何をやっているか理解する、などのためにはやっておいた方が良いと思います。

(無題) 削除/引用 No.7092-12 - 2018/07/25 (水) 14:27:38 - m まず何から手を付ければいいか分からない状況であるなら、 バイオインフォマティクス技術者の認定試験を受験してみてはいかがでしょうか 直接現場に必要なものは結局現場ごとに違うでしょうし 技術者認定試験は言語そのものは勉強しませんが 基礎とかを幅広く学べるのでちょうど良いかと。

(無題) 削除/引用 No.7092-11 - 2018/07/25 (水) 11:11:56 - xyz >最初に習得すべき言語は何がいいでしょうか？ まずは英語ですね。 次にwindowsならコマンドプロンプト、linuxならターミナル上の基礎的なコマンドの使い方。 そして次は目的の研究分野でよく使われているプログラミング言語。Pythonは汎用的で学習コストが比較的少ないですし、様々な研究分野で活用されているのでオススメです。また、Rも同様に使われる機会が多く優先度が高いです。しかしこれらのスクリプト言語の最大のデメリットは処理が遅いという点で、ガリゴリ計算処理する必要があるのであればコンパイラ言語、つまりC、C++言語などの使用を推奨します。Rでガリゴリ数日間もかけて計算しているのは非効率的です。 PythonやRからCのプログラムを実行することも可能ですので、この３つを軽く使えるようにしておけば、とりあえずは困らないでしょう。その他の言語は慣れでどうにかなります。

(無題) 削除/引用 No.7092-10 - 2018/07/25 (水) 09:13:19 - seventh バイオインフォマティシャンといっても自分で開発から行うのと既存のツールを使って研究に役立てるのとではやや方向性が違います。 後者の場合は、プログラミングスキルがあれば環境構築・運用に役に立ちますが、別にプログラミングができなくてもエラーが出たときに対処ができれば良いので英語力や検索力、開発者とのコミュニケーションスキル等のほうが重要です。 NGS関連の場合はテキストを扱う処理が多いので自前でフィルタやparserを作れるぐらいのスキルがあれば便利ではあります。 専門技法についてはCUIしかなかったものがGUIでクリックポチポチで（お金をだせば）簡単にできるようになってきてますし、医学系のモデル生物なら環境も整備されているので技術が必要なくなる可能性はありえます。

(無題) 削除/引用 No.7092-9 - 2018/07/25 (水) 01:55:14 - かむまむ 御返信ありがとうございます。 私自身は医学系で、NGSをドライで扱っていますが、 プログラミングを独学から初めて、ある程度の水準の知識を身につけて、 研究に応用することまで、到達できるものでしょうか。 細分化がますます進む時代ですので、単に趣味で終わるなら手をつけない方がましですが。

(無題) 削除/引用 No.7092-8 - 2018/07/24 (火) 17:01:21 - MTP 将来的なことを考えるとPythonかもしれませんが、現在のバイオインフォマティクス(特にNGS)分野では主にRが用いられているのではないかと思います。ライブラリが豊富ですし。

(無題) 削除/引用 No.7092-7 - 2018/07/22 (日) 23:56:07 - 橘 現在おすすめするのは、Pythonです。並行してRですね。Pythonにはまだない機能が多いので。ただし、重い計算はCまたはC++で書いてPythonやRから呼びだす形になります。でも単に既存のコマンドを実行して結果を受け取るだけでもかなりのことはできますので、BLAST+やBLAT、Kallisto、USEARCH(VSEARCH)、MAFFTのコマンドラインオプションはある程度覚えておくといいと思います。

(無題) 削除/引用 No.7092-6 - 2018/07/22 (日) 20:10:35 - xyz バイオインフォと言っても様々ですからね。 結局は何がしたいのかで言語を選ぶべきですよ。言語により得意不得意がありますから。 最終的には様々な言語を適材適所で使い分けて、コスパを上げることこそが重要です。特定の言語しか使えない人は応用力に欠け苦労しがちです。

(無題) 削除/引用 No.7092-5 - 2018/07/21 (土) 21:21:41 - あ 今はPythonだと思います。

(無題) 削除/引用 No.7092-4 - 2018/07/21 (土) 15:33:23 - v プログラミングというほどでもないですが、とりあえずRのggplotでかっこいい図を書くとこから私ははじめました。

(無題) 削除/引用 No.7092-3 - 2018/07/21 (土) 14:10:18 - ::: ウエットなとこからの転向は難しいですね。入り口がわからない。非常に興味はあったけど行き方がわからなかった。 質問とは関係ありません。すいません

(無題) 削除/引用 No.7092-2 - 2018/07/21 (土) 13:59:19 - サンショウウオ Google ColabでPythonを使い、Keras経由でTensorflowを使ったDeep Learningによる画像データ、系列データの解析をできるようになると重宝されます。

プログラミングの勉強 削除/引用 No.7092-1 - 2018/07/21 (土) 10:21:40 - かむまむ バイオインフォマティシャンの需要が高まっていますが、 最初に習得すべき言語は何がいいでしょうか？ 現在どの言語が多用されているのでしょうか。

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