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qPCR絶対定量におけるスタンダードについて トピック削除
No.7066-TOPIC - 2018/07/10 (火) 15:25:43 - コウシロウ
検量線を引く際にプラスミドをターゲットとして用いている文献をよく見ますが、PCR産物と比べて何かメリットがあるのでしょうか。私の考えではプラスミドを作製するのには手間がかかるし、PCR産物を精製したほうがお手軽な気がするのですが。プラスミドを用いる理由がよく分かりません。

また、具体的に何をしたいのかと言うと、コピー数を算出して細菌数を計数したいと考えています。ゲノムDNAとPCR産物とプラスミドではCt値に差が出る可能性があることは承知していますが、その上で実施しようと思っています。

数年ぶりのリアルタイムPCRで記憶が曖昧かつ初の絶対定量なので、分からないことだらけです。どなたかご教授いただけないでしょうか。よろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.7066-3 - 2018/07/10 (火) 18:42:39 - おお
>収量ではプラスミドのほうが多量だと思います。
コピーナンバーで計算した?


確かにその遺伝子の全長?とかプラスミドで持っていっればプライマーデザインとか役に立つかもしれないけど、たまたま持っていたからそれを使おうとおもったぐらいかもしれません。

特定のプライマーセットでPCRフラグメントが得られて、そのプライマーでPCRするならそれでも十分でしょう。ただし変異は蓄積していくのであまり繰り返しPCRして使うのはよくないかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.7066-2 - 2018/07/10 (火) 18:05:59 - seventh
プラスミドなら全長またはそれに近いものを入れておけばあとはいろいろと使えるので。
同一遺伝子のの複数位置のプライマーとかを試して選びたいときなどは、テンプレートが共通なため比較しやすかったりします。
精製に関して言えば手間的には同じぐらい、収量ではプラスミドのほうが多量だと思います。
プラスミドなら品質が安定しているという面もあります。

qPCR絶対定量におけるスタンダードについて 削除/引用
No.7066-1 - 2018/07/10 (火) 15:25:43 - コウシロウ
検量線を引く際にプラスミドをターゲットとして用いている文献をよく見ますが、PCR産物と比べて何かメリットがあるのでしょうか。私の考えではプラスミドを作製するのには手間がかかるし、PCR産物を精製したほうがお手軽な気がするのですが。プラスミドを用いる理由がよく分かりません。

また、具体的に何をしたいのかと言うと、コピー数を算出して細菌数を計数したいと考えています。ゲノムDNAとPCR産物とプラスミドではCt値に差が出る可能性があることは承知していますが、その上で実施しようと思っています。

数年ぶりのリアルタイムPCRで記憶が曖昧かつ初の絶対定量なので、分からないことだらけです。どなたかご教授いただけないでしょうか。よろしくお願いいたします。

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