Bio Technical フォーラム

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エンハンサーの位置ってch番号で特定されていますか? トピック削除
No.7029-TOPIC - 2018/06/22 (金) 16:30:56 - 初学者
遺伝子の研究のかなりの初学者です。非常に初歩的な質問で申し訳ありません!

エンハンサーのメチル化(イルミナのEPICでデータを取りました)に注目して、遺伝子の発現変動と相関比較をしようと思っているのですが、そもそもエンハンサーの位置は、ch番号で特定などってされているのでしょうか?

出来るならば、IgVなどのブラウザにエンハンサーの位置を表示し、その位置のCのメチル化を重ねて表示するなどしたいのですが・・・・
ch番号などが分かればそれが出来るのでしょうが・・・・

そういった事ができなければ、「TSSから1500塩基以上離れていて、CpGサイトである領域」をエンハンサーとして認識してしまってよいものでしょうか?

非常に初歩的な質問で申し訳ありません。
 
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なるほど! 解決済み 削除/引用
No.7029-4 - 2018/06/24 (日) 22:18:59 - 初学者
「Enhancer」では検索していたのですが、DBをつけると種々のデータベースが出てきました。ありがとうございます。

周りに聞ける人がほとんどおらず、初歩的な質問で申し訳ありませんでした。
助かりました。

(無題) 削除/引用
No.7029-3 - 2018/06/24 (日) 14:18:59 - moz
Enhancer DBでググると、いくつかそれらしきサイトが見つかりますが、
それらを検討した結果の質問でしょうか?

エンハンサーの位置ってch番号で特定されていますか? 削除/引用
No.7029-1 - 2018/06/22 (金) 16:30:56 - 初学者
遺伝子の研究のかなりの初学者です。非常に初歩的な質問で申し訳ありません!

エンハンサーのメチル化(イルミナのEPICでデータを取りました)に注目して、遺伝子の発現変動と相関比較をしようと思っているのですが、そもそもエンハンサーの位置は、ch番号で特定などってされているのでしょうか?

出来るならば、IgVなどのブラウザにエンハンサーの位置を表示し、その位置のCのメチル化を重ねて表示するなどしたいのですが・・・・
ch番号などが分かればそれが出来るのでしょうが・・・・

そういった事ができなければ、「TSSから1500塩基以上離れていて、CpGサイトである領域」をエンハンサーとして認識してしまってよいものでしょうか?

非常に初歩的な質問で申し訳ありません。

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