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候補タンパク質の探し方 トピック削除
No.7023-TOPIC - 2018/06/21 (木) 13:22:23 - Jま
あるタンパク質Aがタンパク質Bの分解を間接的に促進していることが分かったのですが、その間のパスに存在するタンパク質の候補を探したいと思っています。
具体的にどのように探せば良いでしょうか?
ちなみに生物はショウジョウバエを用いています。
 
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No.7023-7 - 2018/06/26 (火) 16:56:00 - Jま
おお様

すみませんレスに気づいていませんでした。
詳しくありがとうございます!!
頑張ってみます。

(無題) 削除/引用
No.7023-6 - 2018/06/22 (金) 02:25:29 - おお
>AおよびBに関する文献をたくさん勉強して、それらしい仮説(ていうか現時点で可能性として考えられる事)をいくつか作ってみて、実験で検証するくらいしかないとおもう。

スクリーニングなどもとりいれると今までの文献で発表されてるものからの発想でなく新しいもの、想像できなかったものを見つけれるかもしれません。

それにしてもやはりAやBに関するいろいろな情報がないと研究方針が立てにくいので、具体的な方法論の回答がつかないのだと思います。

A、Bの発現プロファイル
A、Bのフェのタイプにおける役割
A、Bそれぞれのインタラクター(共通のものがあればもしかしてと思う)
A,Bそれぞれの蛋白の構造
など、もしほかのモデル生物でオーソログがあるならそれも加えて調べるべきでしょう。自身でレビューが書けるぐらい。こういう情報から総合的に見てどんな材料を使いなにがやれるか見つけていくべきだと思います。そういった点では1qqqlo,p;iop;/さんと同意見です。

もしYeastで保存された経路が存在するならYeastでスクリーニングすることも可能です。タンパク質Bの分解されるのなら、それに毒性のある蛋白を融合すれば、タンパクBの分解という現象において上流のスクリーニングなどもできるでしょう(Yeastでなくても)。
またA、Bが同じImmunocomplexにあるという(少なくともある状態の材料、条件で)ことが見れれば話は早いです。

(無題) 削除/引用
No.7023-5 - 2018/06/22 (金) 01:35:36 - Jま
コメントありがとうございます!
Fly Baseなどから文献を探しつつ実験で検証してみたいと思います。
今後もよろしくお願いいたします。

(無題) 削除/引用
No.7023-4 - 2018/06/21 (木) 23:05:41 - 1qqqlo,p;iop;/
AおよびBに関する文献をたくさん勉強して、それらしい仮説(ていうか現時点で可能性として考えられる事)をいくつか作ってみて、実験で検証するくらいしかないとおもう。

(無題) 削除/引用
No.7023-3 - 2018/06/21 (木) 18:59:35 - おお
genetic interaction
physical interaction
ほかにあるかな、、、

(無題) 削除/引用
No.7023-2 - 2018/06/21 (木) 16:02:27 - 独り言
ショウジョウバエでやらないといけないのであれば、
遺伝学でそのタンパク質を分解できない変異体をたくさんとってきてから、その遺伝子の機能から探っていくんじゃないかな。

候補タンパク質の探し方 削除/引用
No.7023-1 - 2018/06/21 (木) 13:22:23 - Jま
あるタンパク質Aがタンパク質Bの分解を間接的に促進していることが分かったのですが、その間のパスに存在するタンパク質の候補を探したいと思っています。
具体的にどのように探せば良いでしょうか?
ちなみに生物はショウジョウバエを用いています。

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