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(無題) 削除/引用 No.6995-5 - 2018/06/13 (水) 02:07:06 - 橘 あなたがどのようにライブラリ調製を行ったかによります。 イルミナのキットなどでライブラリ調製を行っていれば、インデックスの配列を伝えておけばdemultiplexされた状態で納品してもらえますが、独自のインデックス付加法を用いていた場合はイルミナのソフトウェアでdemultiplexできないので、単一のファイルで納品されます。 独自の方法でライブラリ調製を行っていても、最終的なライブラリの構造がイルミナの想定している方式通りになっていれば、demultiplexされた状態で納品してもらうことは可能です。

(無題) 削除/引用 No.6995-4 - 2018/06/12 (火) 21:48:14 - xyz P13, アダプターとは P17, アダプタートリミングの例 P19, アダプターマスキングで実行した例 P22-24, なぜアダプター配列トリムを検討するのか? P37, クオリティースコア(qscore) によるトリミング https://jp.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/apac/japan/documents/pdf/2015_techsupport_session10.pdf このあたりを押さえておくと良いでしょう。 外注先によって生データからどこまで処理しておいてくれるか(オプション)が異なると思われます。あなたの実験デザインにはどの処理が必要で、どんな解析が必要なのか。しっかりお考えください。

(無題) 削除/引用 No.6995-3 - 2018/06/12 (火) 21:16:12 - なぎこ コメントありがとうございます。 なるほど。 インデックスでリードデータを分けられるかどうかを調べればいいのですね。 不勉強でまだまだNGSの用語を解釈しきれていませんでした。 受託しているメーカーをもっと調べてみます。

(無題) 削除/引用 No.6995-2 - 2018/06/12 (火) 17:46:57 - xyz 外注ならその会社によるとしか... まぁでも分けるくらいどこでもやってくれそうではありますが。 ググって一番上に出てきたH社はインデックスでリードデータを分けてくれるようですね。 http://www.hssnet.co.jp/9/dl/nextseq_ct_17011301.pdf

NGSの外注のデータについて 削除/引用 No.6995-1 - 2018/06/12 (火) 16:49:45 - なぎこ 次世代シークエンサーの解析を始めて行う計画をしております。 １サンプルあたり500万リードほどを読めればよいので、4サンプル準備して計2000万リードほどシークエンス反応をしてもらえるところに外注しようと考えております。データ解析は自分で行う予定です。 そこで分からないことがあるのですが、それぞれのサンプルの３末端には異なるインデックス配列を使用してPCRを行うので、シークエンス反応後に4つのサンプルデータを分離してそれぞれのサンプルの比較解析する予定です。 イルミナのNGSを使用してシークエンス反応後にデータを納品してもらう場合というのは、 A、4つのサンプルすべてが一つのファイルになっていて、自分でインデックス配列からサンプルを分離しなければならない？ B、自動的にインデックス配列ごとにサンプルが分離されており、（私の場合は4サンプルあるので）4つのファイルを納品してくれる？ どちらが一般的でしょうか？ どなたか教えていただけると助かります。

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