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(無題) 削除/引用 No.6940-6 - 2018/05/28 (月) 11:27:07 - xyz 参考にどうぞ 系統樹作成ソフトウエア - POPTREE2 https://blog.goo.ne.jp/kosa_in_goo/e/f3c239a60cd87d33dc2a2d3f29b7751c

(無題) 削除/引用 No.6940-5 - 2018/05/28 (月) 10:07:16 - xyz POPTREE2ですが、マニュアルは読まれましたか？ 書いてある通りだと思いますが。 http://www.med.kagawa-u.ac.jp/~genomelb/takezaki/poptree2/userguide.pdf

(無題) 削除/引用 No.6940-4 - 2018/05/26 (土) 16:48:10 - 系統解析初心者 みなさんご紹介ありがとうございます POPTREE2を見てみました infileさえできればrunは簡単そうですが、そのinfileが... 各集団内の出現ハプロタイプを入力して12集団間のFstをAlrlequineで取得はできたのですが 下記のようなFstの情報(A)をPOPTREEのinfileにどのように記述したらよいのかがわかりません example fileもみましたが、集団間のFstはもう出ているのでLocus毎の記述ではないでしょうし... どなたかおわかりになる方いらっしゃいますか？？ 　　　 　pop1 pop2 pop3 pop4 pop1 0.000 pop2 0.891 0.000 pop3 -0.330 1.000 0.000 pop4 0.590 0.464 0.425 0.000 .....

(無題) 削除/引用 No.6940-3 - 2018/05/26 (土) 02:05:53 - おお プラスミドの配列などを扱うソフトなどでも、ホモロジーを見ることができて系統樹がかけたりするもんですが、目的に合わないのかな。。。 そういえばClustal Wなどでも系統樹がかけるなぁ。 http://w3pharm.u-shizuoka-ken.ac.jp/bisei/text/research/Geneanalysis.htm ホモロジーが高すぎてこういうのでは精度がでないということなのかしら・

(無題) 削除/引用 No.6940-2 - 2018/05/25 (金) 21:48:59 - xyz 使ったことはないですが、こんなの↓は如何でしょうか。 POPTREE2: Software for Constructing Population Trees from Allele Frequency Data and Computing Other Population Statistics with Windows Interface https://academic.oup.com/mbe/article/27/4/747/1749179

集団間の系統樹を作成したい 削除/引用 No.6940-1 - 2018/05/25 (金) 17:08:24 - 系統解析初心者 塩基配列（ハプロタイプ）に基づく集団間（例えばサンプリングの場所毎）の系統樹を作成したいのですが 詳しいやり方を紹介したサイトがなかなか見つからなくて困っています。 FatやDaを利用した系統樹は見た事がありますが、これらの具体的な作成方法もわかりません また、各ハプロタイプの塩基配列を直接入力して集団間の系統樹を出す方法などはないのでしょうか？ よろしくお願いいたします

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