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(無題) 削除/引用 No.6874-2 - 2018/04/27 (金) 14:16:17 - AP 1.コンタミしているゲノムDNAは微量であるから、普通のPCRとしてもスタートの分子数が少ない標的であるから。精製したゲノムDNAでもどんどん希釈していけば、同様にスカっと増えない状況はあり得る。 2. RNAはPCR酵素の鋳型にはならないが（一部のRT活性を併せもつものを除き）、プライマーには成り得る。過剰にRNAが存在するなかに僅かな鋳型DNAという状況でPCRをかければRNAが非特異的プライマーとなって非特異的なDNA合成が起こる。その結果、PCRプライマーが引っかかるようなDNAも出てくる。 精製したtotal RNAの99%くらいはrRNAで（通常の方法ではtRNAは精製されてこない）、非常にコピー数が多いのでかなり影響力があり、わりと単純なAT-richな配列なので、相同性のあるゲノム配列はなかりある。Northernなんかやると、プローブがrRNAにクロスハイブリしてバンドが出てしまうなんてことはよくある。

total RNAのPCR 削除/引用 No.6874-1 - 2018/04/27 (金) 11:39:56 - fire ゲノムDNAのコンタミを確認するためにtotal RNA溶液をPCRしました。 その結果、ゲノムDNAと同じサイズと他にもいくつかのバンドができました。 ゲノムDNAはシングルバンドで確認できますが、 total RNAはゲノムDNAと同じサイズのものを含め違うサイズの4本のバンドがでます。 その中でゲノムDNAと同じサイズのはあまり濃くはありません。 total RNAをPCRした場合、PCRで増える理由として、 ゲノムDNAのコンタミ以外に何か考えられますか？ ちなみにDNase処理は２回かけています。

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