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(無題) 削除/引用 No.686-9 - 2012/07/11 (水) 17:53:58 - AP 補足で >boilingによって一本鎖になりEtBrの染色性も著しく低下しますね。 切断されていないDNAでもnickが出来ていることは稀ではないです。 二重鎖状態ではnickがあっても相補鎖で繋ぎ止められて、見かけ上切れていないように振る舞いますが、一本鎖に解離するとすべてのnickで鎖がバラバラになります。

(無題) 削除/引用 No.686-8 - 2012/07/11 (水) 12:12:38 - う 泳動して、ブルーの色素が（泳動バッファーに入ってるでしょ？） ゲルに入った直後くらいに、まず観察（ゲルにエチブロを入れていないと面倒だが）。 これで、専断されたゲノムであったとしても、 まだ分離前なので、バンドっぽく見える。 これで、少なくともDNAは回収できているかは確認できる。 これで見えなければ、なんか変なのを拾ってる。 見えた後、泳動してみて見えなくなれば 剪断されたゲノムを取ってしまっているとか言えるのでは？

(無題) 削除/引用 No.686-7 - 2012/07/10 (火) 19:24:39 - 123 マウスのゲノムだと300ng, 50V, 1時間泳動するとシングルバンドで見えます。

(無題) 削除/引用 No.686-6 - 2012/07/06 (金) 10:26:09 - ~ そのゲノムDNAの使用目的がわかりませんが、 ウェルにうまく入らなかったのか、そもそもDNAが取れていないのかは確認しておかないと不安ですよね。 8 bp配列を認識する制限酵素で切ってラダーになるかを確認してはいかがでしょうか。 ゲノム配列情報のある生物であれば、パターンのチェックもできるかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.686-5 - 2012/07/03 (火) 20:51:07 - Harmonia 通常、SDS溶菌とフェノールクロロホルム抽出です。 ただし、菌によっては溶菌が難しいので乳鉢で壊すこともありますが、 それでも300 ng ならスメアなバンドにはなるはず。 夾雑物が多すぎて、実際より吸光度が高いということは？ 参考： http://dna.brc.riken.jp/ja/MANUAL/manual_07.html

(無題) 削除/引用 No.686-4 - 2012/07/03 (火) 11:33:41 - AP 必ずしもバンドが見えなくなるほど、せん断されるということでもないのですが。一般的には抽出ゲノムDNAはせん断されても、かなりの高分子量に分布するので、アガロースゲルではスメア状にすら分離できなくて、ほぼバンド状に見えたりしますな。 ところで、instagene matrixはみたところvortexやboilingの工程を含むようですな。vortex（とくにmatrix共存下で）は、DNAをかなり細かくせん断しますし、boilingによって一本鎖になりEtBrの染色性も著しく低下しますね。電気泳動で見えなくなってもおかしくないと思います。PCRのtemplateとして精製するにはいいんでしょうが、他の目的（たとえば直接、あるいは制限消化して電気泳動など）には適していないようですね。

(無題) 削除/引用 No.686-3 - 2012/07/03 (火) 09:42:37 - MEF ンンノ様 返信ありがとうございます。 どういう抽出方法→instagene matrix(bio-rad)で抽出しました。 ゲルの染色法→エチブロで染色しました。 ＞ゲノムDNAは抽出すると普通はランダムに断片化してゲル上ではシングルバンドになりません。 そうなんですね。バンドとして検出しているデータもありますよね。 制限酵素で切断するなどをすると良いのでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.686-2 - 2012/07/02 (月) 15:47:48 - ンンノ どういう抽出方法をとったのかわかりませんが、ゲノムDNAは抽出すると普通は ランダムに断片化してゲル上ではシングルバンドになりません。 ゲルをどういう染色したのかもわかりませんが、３００ngといってもシングル バンドにはならないので検出限界以下なんでしょう。

ゲノムDNAの電気泳動 削除/引用 No.686-1 - 2012/07/01 (日) 20:32:26 - ゲノムDNA お世話になっております。 細菌からゲノムDNAを抽出しました。 濃度は300 ng、ratioは1.8でした。 ゲノムDNAの質を検定（存在を確かめる）ため、 一応、TAEで作った0.8％アガロースゲルで300 ng泳動しました。 ゲノムDNAなので、アプライしたコームの辺りに検出できるのではないか思っていたのですが、まったく検出できませんでした。 DNAマーカーを一応流したため、ＤＮＡマーカーは検出できました。 ちなみに、同様のゲノムDNAを使ってその細菌に特異的な配列を検出するプライマーでPCRをかけたところ、目的の分子量にバンドを確認しています。そのため、ゲノムDNAは抽出できており、存在しているのだと思います。 アガロースゲルを使った電気泳動で検出できないのは、なぜでしょうか。。。 教えていただけましたら、幸いです。 よろしくお願い致します。

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