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DNA抽出用TE飽和フェノールの作り方を教えてください トピック削除
No.6858-TOPIC - 2018/04/19 (木) 20:22:49 - 農学院生
皆さんはどのようにTE飽和フェノールを作製していますか。
フェノールのpHが8になるまで、pH8のトリス緩衝液とフェノールを混ぜ、分離してから上層を除いて下層のpHを測って、というのを続けると思うのですが、pHが7くらいまでしか上がっておらず全然pHが8に近づきません。
また操作を繰り返すうちに下層のフェノールが減っていきます。
フェノールは和光の核酸抽出用500gを使用しています。加えているトリス緩衝液は0.5Mです。

フェノールの量を減らさないためになるべく少ない回数で、かつpHを8に近づける方法はないでしょうか。トリスの濃度を1Mにするとか、緩衝液を混ぜる操作の最初のほうはpHを8より高い9にした緩衝液を使用するとかは効果があるでしょうか。
 
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No.6858-7 - 2018/04/21 (土) 11:44:35 - mon
aさんの意見に賛成ですが、
"phenol neutralization"でググればTE飽和フェノールの作製は直ぐに見つかります。
http://www.koko.gov.my/CocoaBioTech/General%20Lab3.html
私も中和していないTrisで1回目のPhenol中和処理を行っていました。
中和phenolを長持ちさせるために、8-Hydroxyquinolineは添加した方が良いですよ。

(無題) 削除/引用
No.6858-6 - 2018/04/21 (土) 10:13:35 - a
20年ぶりぐらいに、DNAを扱う実験を再開するために同様の質問を、ここで数年前にしたことがあります。

そのときの結論は、フェノールを使う必要は無くなってきたし、もし必要だとしても買った方が早い、でした。

実際のところ、そのときにフェノールを買ったけど、今では冷蔵庫のこやしになっています。

ということで、DNA抽出が目的なら、プロトコルを見直した方がよいです。

(無題) 削除/引用
No.6858-5 - 2018/04/19 (木) 22:44:13 - 石炭酸
フェノール層が減るのは仕方ないんじゃないの?
フェノール相は水で飽和してても、水相にはフェノールが溶け込むんだから

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No.6858-4 - 2018/04/19 (木) 22:29:29 - AP
温度一定(室温)で平衡化作業をしているだろうか。体積が変わっていく原因かも。

(無題) 削除/引用
No.6858-3 - 2018/04/19 (木) 22:27:53 - AP
フェノール層と同等の量になるように1 M Tris pH8で平衡化を3回くらいすれば完了するがな。フェノール層でpHは計れないので水層のpHをpHペーパーでみる。フェノール層にこだわってpHを測るとそうなるのかな?

一回目の平衡化をただの1 M Tris溶液(pH調整なし)でやるという技?もあった。

平衡化の度にフェノール層が減っていくのはへんだぜ。

(無題) 削除/引用
No.6858-2 - 2018/04/19 (木) 20:38:27 - xyz
How to prepare phenol for a phenol/chloroform extraction?
https://www.researchgate.net/post/How_to_prepare_phenol_for_a_phenol_chloroform_extraction

DNA抽出用TE飽和フェノールの作り方を教えてください 削除/引用
No.6858-1 - 2018/04/19 (木) 20:22:49 - 農学院生
皆さんはどのようにTE飽和フェノールを作製していますか。
フェノールのpHが8になるまで、pH8のトリス緩衝液とフェノールを混ぜ、分離してから上層を除いて下層のpHを測って、というのを続けると思うのですが、pHが7くらいまでしか上がっておらず全然pHが8に近づきません。
また操作を繰り返すうちに下層のフェノールが減っていきます。
フェノールは和光の核酸抽出用500gを使用しています。加えているトリス緩衝液は0.5Mです。

フェノールの量を減らさないためになるべく少ない回数で、かつpHを8に近づける方法はないでしょうか。トリスの濃度を1Mにするとか、緩衝液を混ぜる操作の最初のほうはpHを8より高い9にした緩衝液を使用するとかは効果があるでしょうか。

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