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(無題) 削除/引用 No.6842-6 - 2018/04/14 (土) 02:08:51 - Ryo おおさん、小言幸兵衛さん、 さらなる情報、ご意見、ありがとうございます。 思った以上に複雑で、単純に予想通りにはならなさそうですね。 大変ためになりました。 ありがとうございます。 >[Re:5] 小言幸兵衛さんは書きました : > リン酸化でシフトダウンするタンパク質もありますよ。自分でも経験あるんですけど、あれ何のタンパク質だったかな…

(無題) 削除/引用 No.6842-5 - 2018/04/13 (金) 11:15:11 - 小言幸兵衛 リン酸化でシフトダウンするタンパク質もありますよ。自分でも経験あるんですけど、あれ何のタンパク質だったかな…

(無題) 削除/引用 No.6842-4 - 2018/04/13 (金) 01:32:51 - おお それぞれの事に明確に答えられませんが、移動度は電荷、構造のフレキシビリティー、大きさ、形状、SDSの結合の強さなどに依存しています。 SDSはポリペプチドのバックボーンにそって結合して、近くのSDS同士の電荷の反発によって例えばヘリックスなどの構造が取りにくくなり直線状に伸びたようになると想像できます。なのでヘリックすの構造をとれるポリペプチドとそうでないもので分子量が一緒なら、構造に依存せずほぼ同じ移動度が得られるのだろうと考えられます。ただしポリペプチドの局所的電荷、親水性などにより、SDSの結合できる数は絶対的に一定とは言えずゆらぎがあるだろうと想像できますし、そのためペプチドSDSコンプレックスの長さあたりの電荷は蛋白によっていくらか違いが出てもおかしくないです。 リン酸基がSDSの結合や結合後の構造にどのように影響を与えるかは、移動度が減ることから想像ができると思いますが、それ以上でもそれ以下でもないでしょう。短いペプチドなどではリン酸化により移動度が増えるのを見えれる可能性がまあまあありそうです。 S-S結合もSDSがそこにどれだけアクセスできるか、その結果構造のフレキシビリティーがどの程度あるかなど複雑なパラメーターの結果が移動度に反映されると思えますので（形的にはコンパクトでしょうけど）、予測不可能ともいえるし、６０ぐらいに期待したのに８０だったとしても、まあそんなもんかなと思うくらいです。

(無題) 削除/引用 No.6842-3 - 2018/04/13 (金) 00:41:14 - Ryo APさん、 早速ご意見いただきありがとうございます。 たしかにSDSとの結合状態が考えられます。 native pageでしたらまた違う挙動が示されるかもしれません。 また、等電点が低いものは単純に考えたら早く流れそうですが、SDSとの斥力があるとしたら、タンパクによっては同じように変わらなかったり逆に遅く流れるものがあるのかとふと思いました。 ありがとうございます。 >[Re:2] APさんは書きました : > 面白いぎもんだねえ。 > SDS-PAGEでタンパク質のチャージは疎水結合したSDSの負電荷ということだとすると、リン酸化で負電荷を帯びたら斥力で抱合するSDSが減るかもしれない。そのために移動度が下がるのかもしれない。等電点の高いタンパク質がどうかと言うと、静電気力でSDSがくっつくことで電荷が中和されるので移動度が下がるということかもしれない。 > > 今思いついた想像ですが。

(無題) 削除/引用 No.6842-2 - 2018/04/12 (木) 22:49:06 - AP 面白いぎもんだねえ。 SDS-PAGEでタンパク質のチャージは疎水結合したSDSの負電荷ということだとすると、リン酸化で負電荷を帯びたら斥力で抱合するSDSが減るかもしれない。そのために移動度が下がるのかもしれない。等電点の高いタンパク質がどうかと言うと、静電気力でSDSがくっつくことで電荷が中和されるので移動度が下がるということかもしれない。 今思いついた想像ですが。

SDS-PAGEでのリン酸化タンパク質 削除/引用 No.6842-1 - 2018/04/12 (木) 20:02:07 - Ryo お世話になります。 今あるタンパク質のSDS-PAGEを行っているのですが、リン酸化タンパク質は大方少し高分子量のところにシフトしますが、マイナスにチャージしているなら逆に低分子のほうにシフトしそうなのですが、なぜなのでしょうか？ それともタンパク質によっては下にシフトするものもあるのでしょうか？ もう一つ、これもそのタンパク質特有だと思うのですが、今S-S結合を作っているものを還元状態で流すと、予想通り30kDaに出ました。それを非還元状態で流すと80kDaになります。 構造が関係しているのは何となくわかるのですが、S-Sによりコンプレックスを作るとアクリルアミドの網目を通りにくくなるため、予想よりも高分子のところに行くのでしょうか？ よろしくお願いいたします。

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