知識不足による質問と思いますがどうかお許しください。
どのように勉強したらよいのか分からず、質問させていただきました。
詳しい方がいらっしゃいましたら教えていただけましたら幸いです。
数十年前に作成された、ホルマリン固定・パラフィン包埋後の、腎腫瘍の病理組織標本から、ゲノムを抽出し、塩基配列を調べています。
この標本から作製した病理組織スライドの顕鏡によって、この腫瘍の病理組織学的な診断名が既に分かっており、これまでの報告から、この腫瘍に特異的な遺伝子異常が判明しており、今回、その遺伝子異常を、パラフィン包埋後の検体から検出することを試みています。
パラフィン包埋後の検体から、genomicDNA(gDNA)を抽出し、サンガーシーケンシングを行ったところ、目的の異常を検出することができました。
ところが、パラフィン包埋後の検体から作成したcDNAでは、PCRがかからず、したがってシーケンシングもできませんした。3検体（別人）で試しましたが、いずれも、cDNAはシーケンス不可能で、gDNAはシーケンス可能でした。それはなぜでしょうか？というのが質問させていただきたいことです。（プライマーはcDNA用、gDNA用を用いており、新鮮凍結検体によって、ワークするプライマーであることを確認しています）。
ホルマリン固定と、年数によって、DNAの断片化が進むと思いますが、発現タンパク質の質も落ちていて、正しいRNAが抽出できず、正しいcDNAができない、ということなのでしょうか？？ |
|
このスレッドをはてなブックマークに追加