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培養細胞ライセートから核を除く方法について トピック削除
No.6830-TOPIC - 2018/04/10 (火) 12:51:53 - 細胞質成分
お世話になります。

培養細胞からタンパク質抽出液を調製したいのですが、核タンパク質は除きたいです。
厳密に除く必要はないのですが、できるだけ、除き、核以外のタンパク質を調製したいです。

私はその目的として、1%トリトンX100含有のCSTから販売されてる1x cell lysis bufferを自作し、それで細胞を溶かそうと当初考えていました。といいますのも、大学院に入ったばかりの頃、先輩から1%トリトンX100は核膜を溶かさないので、それで調製した細胞抽出液を10000gほどで遠心すると核やデブリが除かれるよ、と教えて貰ったからです。

ただ、ネットを調べると、核アイソレーションキットや、核を除くためのキットが販売されていました。
説明書を見ると洗浄の操作が複雑だったり、非公開な組成のライシスバッファーを使っていたりと、実は核を除いたり、エンリッチすることって、ただ1%トリトンX100で可溶化するかしないかだけでは分けられないのでは?と思うにいたり、ここで質問させていただくことにしました。

いつも培養細胞からタンパク質を抽出する際には、1%トリトンX100で細胞を溶かし、遠心後、上清にSDSサンプルバッファーを加え、ボイルをしています。これまでに核タンパク質を解析対象にしたことはありません。

長くなってしまいましたが、核タンパク質をできるだけ除いたタンパク質抽出液を調製したいです。
1%トリトンX100だけで十分でしょうか?厳密に除く必要はなく、絶対にラミニン等が検出されてはいけない、というわけではないです。ただ、細胞質や膜タンパク質はバイアス無く全て回収したいという思いがあります。皆様どうぞご教示いただけますと幸いです。
 
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(無題) 削除/引用
No.6830-10 - 2018/04/11 (水) 17:22:42 - AP
>あと、1% Triton X-100では粘性は認められませんでしたが、それでも核膜は壊れていると言えるのでしょうか?

多分大丈夫だと思うけど、個別には、一部を検鏡したり、細胞質画分を核マーカー抗体でWBするとかして検証しておく必要があるでしょう。
確認しておかないと、逆に細胞のlysisが不十分と言う場合もありえますしね。

(無題) 削除/引用
No.6830-9 - 2018/04/11 (水) 14:08:48 - 細胞質成分
AP様、そのような界面活性剤は聞いたことはあるものの、きちんと理解していませんでした。

あと、1% Triton X-100では粘性は認められませんでしたが、それでも核膜は壊れていると言えるのでしょうか?ペレットをSDSサンプルバッファーで可溶化してチェックすれば済む話ではありますが、、、

(無題) 削除/引用
No.6830-8 - 2018/04/11 (水) 13:53:18 - AP
界面活性剤としてステロール型のジギトニンとかコレートを使うのも常法です。
膜からコレステロールを引っこ抜く作用があるので、コレステロールの多い細胞膜は壊れやすい一方、内膜系をインタクトに保ちやすい。

(無題) 削除/引用
No.6830-7 - 2018/04/11 (水) 12:55:59 - 細胞質成分
Tri様、ありがとうございます。
NP40でもいけるのですね。一度お示しいただいた文献をみてみます。ありがとうございます。


>[Re:5] Triさんは書きました :
> 検索すればいくらでもプロトコールは出てくるのでは?一番シンプルなのは0.1%NP-40含有PBSで分画した報告もあります。0.1%Tritonでもいけそうですね。
> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21067583

(無題) 削除/引用
No.6830-6 - 2018/04/11 (水) 12:54:39 - 細胞質成分
AP様、早速コメントいただきまして、ありがとうございます。
Mgイオンにそのような作用があることは知りませんでした。MgCl2を加えてみることにします。ありがとうございます。

おお様、ありがとうございます。

>核膜の成分は細胞膜の成分と一緒なのになぜ核膜は大丈夫なのかとなぜそのときに聞けないのかというのも不思議だ。

知りませんでした。。。そうだったのですね。大変お恥ずかしいです。

>核をつかった研究で核膜を溶かすために1% Tritonを使うことはよくある。それで溶けなかった成分は核膜を裏打ちしていたり核内の構造を保つ核マトリクス、クロマチンや一部の核蛋白。蛋白によりけりだけど1%Tritonで溶出する核蛋白質もある。

勉強になります。。。ありがとうございます。

0.1%トリトンX100で検討してみます。

AP様、引き続きありがとうございます。

>おおさんの言うとおり1% Tx-100は濃いような気もするけど、先にも書いたけれど、核が壊れると一気にドロッとするのでわかるはず。やってみてどうですか。上清はさらさらですか?

実は私は培養細胞のウエスタンを5年ほどやってきています。組成は1%トリトンX100ですが、これまで一度も上清に粘り気を生じたことはありませんでした。何度か細胞のペレットにSDSサンプルバッファーを加えて速やかに酵素活性を潰したい時がありましたが、その時には非常に粘度の濃いものができました。これは核膜がSDSにより破壊され、ゲノムがでてきてしまった、と思っていました。このような場合、ソニケーションによりサラサラにしていました。

ということで、1%トリトンX100は核膜が壊れない=ゲノムが出てこれないと考えていました。ですが、そうではなさそうですね。

低張バッファーは膜分画を回収しようとした時作製したことがありますが、一度0.1%トリトンX100で核とそうで無い分画を分離したいと思います。



0.1%トリトンX100で上手に核を除くことができれば、上清から免疫沈降をしたいんです。
その場合、膜をしっかり可溶化するため、トリトンX100の終濃度を1%にあげた方がよさそうですよね?
みなさまからご助言をいただき、本当に感謝しています。
一度自分の方でもしっかり文献なりプロトコルを調べるということが必要だと気づくことができました。
ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.6830-5 - 2018/04/11 (水) 00:00:00 - Tri
検索すればいくらでもプロトコールは出てくるのでは?一番シンプルなのは0.1%NP-40含有PBSで分画した報告もあります。0.1%Tritonでもいけそうですね。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21067583

(無題) 削除/引用
No.6830-4 - 2018/04/10 (火) 19:03:29 - AP
おおさんの言うとおり1% Tx-100は濃いような気もするけど、先にも書いたけれど、核が壊れると一気にドロッとするのでわかるはず。やってみてどうですか。上清はさらさらですか?

あと、クリアランスの大きめのポッターあるいはダウンスホモジナイザーをつかうのも一般的だとおもいます。界面活性剤だけでlysisするより、界面活性剤を少なくしてホモジナイザーを使ったほうが成績がいいかもしれない。

(無題) 削除/引用
No.6830-3 - 2018/04/10 (火) 17:42:56 - おお
>先輩から1%トリトンX100は核膜を溶かさないので、それで調製した細胞抽出液を10000gほどで遠心すると核やデブリが除かれるよ、

そういう助言はリファレンスとか実際のデーターを見るまではそんなもんなのかもな程度に思っておくこと。

核膜の成分は細胞膜の成分と一緒なのになぜ核膜は大丈夫なのかとなぜそのときに聞けないのかというのも不思議だ。

核をつかった研究で核膜を溶かすために1% Tritonを使うことはよくある。それで溶けなかった成分は核膜を裏打ちしていたり核内の構造を保つ核マトリクス、クロマチンや一部の核蛋白。蛋白によりけりだけど1%Tritonで溶出する核蛋白質もある。

実際に1%TritonでLysisして核タンパク質を検出している文献もあります。

核タンパク質が混入してないLysateがなぜ必要なのかわかりませんが、よくある細胞質と核のフラクショネーションの方法は低張のバッファーで細胞を破裂させて、1000gぐらいで遠心するとほぼインタクトの核が沈みます。ちょっと文献を探せばそういう方法はすぐに見つかると思います。

TritonなどのDetergentを使うにしても細胞膜をフラグメント化させるぐらいの量(細胞懸濁液のこさにもよるけど0.1%Tritonほど)あればいいです。核を単離する場合も0.1%Tritonを使うことがあります。厳密に核成分と細胞質を分ける必要がないのなら0.1%Tritonを使うほうが簡便だと思います(しっかりと条件をつかめば0.1%Tritonで厳密に分けれないわけではないけど)。

(無題) 削除/引用
No.6830-2 - 2018/04/10 (火) 14:01:13 - AP
その方法でちゃんと細胞膜が壊れているならそれでいいんじゃない?

核画分を混入させないためには、いかに核をインタクトに保つか。核が破れてしまっては除くすべがない。核が壊れるとゲノムDNAが漏出していきなり粘性が出るのでわかる。

intactの核を取るという方法でよく使うのはlysis buffにMg++を入れておくこと。5~10 mMくらい。これで核膜や染色体が硬くなり壊れにくくなる。核を壊さずに細胞質画分から除くのにもいいだろう。Ca++をのぞくためにキレータを入れる場合はEGTAにするといいだろう。

核は落ちやすいので、10000 xgだったらspin-down程度でもいいくらい。除去が不十分なら数回くりかえせばいい。

培養細胞ライセートから核を除く方法について 削除/引用
No.6830-1 - 2018/04/10 (火) 12:51:53 - 細胞質成分
お世話になります。

培養細胞からタンパク質抽出液を調製したいのですが、核タンパク質は除きたいです。
厳密に除く必要はないのですが、できるだけ、除き、核以外のタンパク質を調製したいです。

私はその目的として、1%トリトンX100含有のCSTから販売されてる1x cell lysis bufferを自作し、それで細胞を溶かそうと当初考えていました。といいますのも、大学院に入ったばかりの頃、先輩から1%トリトンX100は核膜を溶かさないので、それで調製した細胞抽出液を10000gほどで遠心すると核やデブリが除かれるよ、と教えて貰ったからです。

ただ、ネットを調べると、核アイソレーションキットや、核を除くためのキットが販売されていました。
説明書を見ると洗浄の操作が複雑だったり、非公開な組成のライシスバッファーを使っていたりと、実は核を除いたり、エンリッチすることって、ただ1%トリトンX100で可溶化するかしないかだけでは分けられないのでは?と思うにいたり、ここで質問させていただくことにしました。

いつも培養細胞からタンパク質を抽出する際には、1%トリトンX100で細胞を溶かし、遠心後、上清にSDSサンプルバッファーを加え、ボイルをしています。これまでに核タンパク質を解析対象にしたことはありません。

長くなってしまいましたが、核タンパク質をできるだけ除いたタンパク質抽出液を調製したいです。
1%トリトンX100だけで十分でしょうか?厳密に除く必要はなく、絶対にラミニン等が検出されてはいけない、というわけではないです。ただ、細胞質や膜タンパク質はバイアス無く全て回収したいという思いがあります。皆様どうぞご教示いただけますと幸いです。

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