BioTechnicalフォーラム [マイクロアレイ発現変動遺伝子抽出後]

マイクロアレイ発現変動遺伝子抽出後

No.6806-TOPIC - 2018/04/02 (月) 21:01:20 - そら

　いつも参考にさせてもらっています。マイクロアレイ解析初心者です。
　外注でマイクロアレイ解析をしました。全体の挙動をみるというよりは、生体でのデータをサポートする有意な変動をする遺伝子をピックアップすることが目的です。オプションのデータマイニングサービスで、発現変動遺伝子を抽出した結果（foldとして、1.5倍または0.67倍、q値＜0.05以下で抽出）トータルで 2653のプローブで有意な変動が確認されました。
この後のプロセスとして、　〜解析した組織＝精巣　をキーワードとしてNCBI EntreGene databaseで検索。171４個のプローブが抽出。次にキーワードの'ランク'に注目し（外注のオプションでキーワード検索すみ）、top 1000に入る遺伝子（ランクとしては15000 番台までつきます）を抽出（プローブ数　114、遺伝子数としては、80ほど）。この中から生体データをサポートしうる遺伝子（キーワード検索や、過去の論文から）10個程度に着目し、qPCRで確認〜と考えています。
　このような方法は、発現変動遺伝子抽出後の解析方法として、問題ないでしょうか。また、キーワード検索の際のランクとは、そもそも何を意味するのでしょうか。
　

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No.6806-8 - 2018/04/18 (水) 06:15:52 - おお

正解とか、正しいとか、間違えとかあるわけではないので、それで目的が達成されればいいという話。

＞生体データをサポートしうる遺伝子

生体データとかなんかよくわからないけど、そういうカテゴリーが使えるなら最初からそれでフィルタリングしたらいいんじゃないかな。

(無題)

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No.6806-7 - 2018/04/18 (水) 05:05:12 - あ

お伝えするのを忘れました。下記の２つの方法をやる場合は、最初に抽出した2653個の遺伝子を使って解析をしてみて下さい。

(無題)

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No.6806-6 - 2018/04/18 (水) 05:00:45 - あ

なんか文事が変になってますね

これにBingoをという入れます。これに、プラグインアップレギュレイト
↓
これにBingoというプラグインを入れます。これに、アップレギュレイト

失礼しました。

(無題)

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No.6806-5 - 2018/04/18 (水) 04:57:16 - あ

もう一つの手ですが、Cytoscapeというネットワークを可視化するフリーソフトをもちい、これにBingoをという入れます。これに、プラグインアップレギュレイトまたはダウンレギュレイトした遺伝子群のみを入れると、それがどういうGOで、それら全てがどういう関係になるのかを可視化することができます。

http://js.cytoscape.org

http://apps.cytoscape.org/apps/bingo

(無題)

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No.6806-4 - 2018/04/18 (水) 04:38:30 - あ

ちなみに、アップレギュレイトした遺伝子だけ、もしくはダウンレギュレイトした遺伝子だけを放り投げると良いでしょう。

(無題)

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No.6806-3 - 2018/04/18 (水) 04:35:21 - あ

DAVIDEに拾った遺伝子全部を入れて解析すればどういう遺伝子が濃縮されたか分かります。どのデータベスを利用するかも選べます。パスウェイ解析もできますよ。

https://david.ncifcrf.gov

(無題)

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No.6806-2 - 2018/04/02 (月) 21:33:50 - xyz

Microarray enriched gene rank
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4305247/