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(無題) 削除/引用 No.6777-12 - 2018/03/21 (水) 12:52:45 - IRES初心者 皆様 ご丁寧にありがとうございました。 特にmon様の 「上流の目的遺伝子の発現が強いクローンを得るために、IRESの翻訳効率がわざと低いものを使う」とのご説明がしっくりきました。 勉強になりました。 ありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.6777-11 - 2018/03/20 (火) 05:50:20 - P 私は入れてません。 Kozakを入れると、前の（上流の）遺伝子の発現量が下がったことがあります。

(無題) 削除/引用 No.6777-10 - 2018/03/19 (月) 20:11:23 - mon ウィルス由来のIRESに限定して説明します。 IRES本来の翻訳開始ATG辺りはパリンドローム構造を取りその高次構造は翻訳効率に重要です。kozak配列(cap依存性翻訳）とはまた別の機構で翻訳開始を行います。 最大の翻訳効率を求めるなら高次構造を維持するATG以降数base(~30base:IRESによる)が必須です(従って余分なアミノ酸が付加される）。 ただし、IRES本来のATGは必須ではなく、TTG等に変異させて、その下流のATGから翻訳開始させることも可能です(翻訳効率は1/2以下になるようです）。この場合、翻訳効率はIRES本来のATGの位置からの距離が大きくなるに従って低くなります。30baseほど離れていても翻訳が開始されます。離れている場合はkozak配列があった方が翻訳開始効率は良い例もありますが確定的ではありません。 IRESで薬剤耐性遺伝を共発現させる場合、上流の目的遺伝子の発現が強いクローンを得るために、IRESの翻訳効率がわざと低いものを使う事が多いです。 以上の理由でkozak配列は不要ですが、多少の翻訳効率向上効果はあるかも知れません。

(無題) 削除/引用 No.6777-9 - 2018/03/19 (月) 15:35:03 - おお IRES - ACGCGT ATG-ピューロがワークするならこのIRESに関しては当てはまらないみたいですね。 どうでもいいけどACGCGTはMlu Iでそれを使って組み込めるようにしたかな。

(無題) 削除/引用 No.6777-8 - 2018/03/19 (月) 13:29:00 - う んだね。

(無題) 削除/引用 No.6777-7 - 2018/03/19 (月) 12:29:14 - xyz う さん もしよろしければ、なぜ必要ないのか簡単に説明していただけないでしょうか。 先に提示した文献ではkozakがないとスルーして次のAUGをスキャニングすると説明されておりますが、これは古い情報または例外的なものなのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.6777-5 - 2018/03/19 (月) 11:56:57 - う いらないよ

(無題) 削除/引用 No.6777-4 - 2018/03/19 (月) 10:46:47 - xyz 下記にIRESについては詳しく説明がありましたが、本当にkozak必要ないんですかね？ 「真核細胞系におけるキャップ非依存的蛋白質合成開始機構」 http://biosciencedbc.jp/dbsearch/Literature/get_pne_cgpdf.php?year=1994&number=3903&file=xLQQTEXOpJE1gP92WDkedA== 下記発現ベクターではIRES-Kozak-cDNAの並びですね。 ttps://www.thermofisher.com/jp/ja/home/life-science/protein-biology/protein-expression/cell-free-protein-expression/mammalian-cell-free-protein-expression/getting-started-thermo-scientific-1-step-ivt-systems.html 下記トピックスでもIRESの次にkozak必要そうなこと書いてましたが... http://www.kenkyuu2.net/cgi-biotech2011/biotechforum.cgi?mode=view;Code=238

(無題) 削除/引用 No.6777-2 - 2018/03/18 (日) 22:11:34 - う いらないよ

IRESの後ろにKozak配列は必要ですか？ 削除/引用 No.6777-1 - 2018/03/18 (日) 19:28:35 - IRES初心者 お世話になります。 CMV promoter - Kozak(GCCACC)-開始コドン-蛍光タンパク-stop-IRES-Puro耐性遺伝子-stop-PolyA というプラスミドを入手しました。 ヒト培養癌細胞株で、無事発現を確認し、ピューロマイシン耐性クローンも取れました。 後日、シークエンスデータを見て気になったのですが、 IRESの後ろに続く puro耐性遺伝子の前に Kozak配列(GCCACC)がありませんでした。 IRES - CGGACC ATG-ピューロ耐性遺伝子　ではなく、 IRES - ACGCGT ATG-ピューロ耐性遺伝子となっていました。 一般的に　IRESのあとに発現させるタンパク質にはKozak配列を入れないものなのでしょうか。 アドバイスいただけますと幸いです。 何卒よろしくお願いします。

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