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(無題) 削除/引用 No.6752-16 - 2018/03/12 (月) 11:32:54 - 中年 お示しになっているプレートの写真を見る限り、まき出しが不均一であるせいというのは無いでしょうね。かなり均一に混み合っている場所でも、隣り合ったコロニーの色に二種類ありますから。やっぱり、インサートの有る無し、あるいはインサートの方向でコロニーの色が変わってるんでしょうね。大腸菌の生育にマイルドな毒性を示すようなプラスミドだと、一部が溶菌してコロニーが透明になったことがあります。透明なコロニーは楊枝で突っつくと糸を引きました。

(無題) 削除/引用 No.6752-15 - 2018/03/09 (金) 18:56:15 - おお プレートの乾きぐわいにムラがあったのか、撒いたあとに村ができたのか。乾きが悪いと水分が滲み出てきて大腸菌が広がってしまうことがありますから。そんな極端ではなくても局所的にそういうことが起こってたのかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.6752-14 - 2018/03/09 (金) 18:26:58 - R コンタミではなさそうですけど、 それぞれストリークしてみて形態が再現されるかですかね。 それで、培養条件なのか何らかの形質転換なのかはあたりがつくかもです。

(無題) 削除/引用 No.6752-13 - 2018/03/09 (金) 17:39:29 - xyz 特に変わった臭気はありません。いつもの大腸菌の臭いです。

(無題) 削除/引用 No.6752-12 - 2018/03/09 (金) 16:13:55 - R 臭いかいでみたらどうですか。

(無題) 削除/引用 No.6752-11 - 2018/03/09 (金) 15:01:03 - み コロニーの形状によるという意見に同意。 平らといっても均一ではないでしょうし、プレーティングするときに加わった大腸菌への影響やピペッティングによるダメージの度合いも異なるでしょう。 コロニーの大きさも均一にはならないですよね（たとえ導入したプラスミドが均一でも） 。 雑菌はカナマイシン入りプレートだから生えないでしょう。

(無題) 削除/引用 No.6752-10 - 2018/03/09 (金) 14:03:27 - xyz 大腸菌コロニーの形成方法が原因の可能性があるわけですね。 ではなぜ半球型と扁平型に分かれているのでしょうか... プレート表面の環境がコロニーの形に影響した...？ うーん、よく分かりません。

(無題) 削除/引用 No.6752-9 - 2018/03/09 (金) 13:56:48 - mon 大腸菌のコロニーが半球上ではなく、平べったい形状になっているため薄い白色に見えるとか？

(無題) 削除/引用 No.6752-8 - 2018/03/09 (金) 13:54:23 - xyz 写真撮ってきました。こんな感じです。 https://i.imgur.com/Z0E9XlV.jpg なお、染色(グラム染色とか?)してまでどうしても同定したいというほどではありません。

(無題) 削除/引用 No.6752-6 - 2018/03/09 (金) 13:36:39 - xyz 経験的には(ちゃんと覚えてない)どちらからも普通にプラスミドが抽出できたので雑菌ではないと思うのですが...、両方拾っているのでプラスミドが抽出されるか試してみます。 雑菌からはプラスミド取れませんよね...？ 不溶性タンパクという指摘は納得がいきました。 キメラ遺伝子としてlazZが発現し、それがたまたま不溶性だったという可能性があるわけですね。

(無題) 削除/引用 No.6752-5 - 2018/03/09 (金) 13:14:20 - 774R 書いた後でふと思いついた仮説ですが、ベクターに遺伝子が導入されて、それが発現されると不溶性のインクルージョンボディになってるのかもしれませんね？ 不溶性で発現した場合、大腸菌の全タンパクの大部分を占めるほど大量に発現する場合もあるし、それらの白く濁ったものが菌体内にあると透明度が悪くなるせいでコロニーが白く見えるのかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.6752-4 - 2018/03/09 (金) 13:08:21 - qq そうですか？ 大腸菌以外の雑菌ではないだろうか？と思います。

(無題) 削除/引用 No.6752-3 - 2018/03/09 (金) 13:07:30 - 774R 白の濃淡については皆目見当もつきませんし、そんな高頻度で雑菌がコンタミするなんてことは普通は考えにくいことです。 コロニーを拾う時に濃淡両方のコロニーを選んで、ミニプレップの結果を比べてみてはいかがでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.6752-2 - 2018/03/09 (金) 12:56:58 - おお 白に濃い薄いがあるというのがよくわかりませんし、X-galなしで見分けがつくという話も聞いたことがありません。

TAクローニング(X-gal入れ忘れ)で白コロニーの色の濃さ 削除/引用 No.6752-1 - 2018/03/09 (金) 11:30:25 - xyz pGEM-T Easyのクローニングベクターに100bp程度のPCR断片をTAクローニングしました。 大腸菌DH5αのコンピに形質転換後、カナマイシン入りLBプレートで37℃、12時間培養し、コロニーを多数確認しました。 ここで１点、問題があります。 LBプレートにX-galを混ぜ忘れたので青白判定できず全てのコロニーが白いものですが、よく見るとコロニーの大きさによらず濃い白と薄い白が1:10程度で見つかります。 確認はしておりませんが、大腸菌以外の雑菌ではないだろうと思っています。 このコロニーの色の濃さは何を反映しているのでしょうか。 lacZが発現するしないでコロニーの濃さが変わったりするものですか？ なお、当たりのプラスミドは適当にコロニーを拾えば得られるだろうと思いますので、その点については問題視しておりません。 今回は単純な興味として質問しております。

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