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(無題) 削除/引用 No.6719-11 - 2018/02/23 (金) 11:55:06 - AP どちら側の鎖にせよ、RNAの配列を持つ側がsense strandと言う定義だから、antisense RNAとてそれだけ見ればsense strandだよな。 antisense RNAという概念は、senseになるRNAが自明の時にのみ相対化して定義されるものといえばいいのかな。

(無題) 削除/引用 No.6719-9 - 2018/02/23 (金) 10:51:46 - さば 疑問に思っていた部分が解決できました。 教えてくださった皆様大変ありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.6719-8 - 2018/02/23 (金) 10:47:54 - AP 詳しくは知りませんが、受託メーカーの情報を見ますと、 mRNAでなくてもcDNAから鎖特異的なプローブや鋳型を得る方法はいろいろあるわけで、 鎖特異的プローブをゲノム全域の両鎖を網羅するマイクロアレイにかければ、どの領域がどっち向きに転写されているかマッピングできるし、 RNAseqだってできる。 両鎖ともポジティブな領域があればそこはアンチセンスが転写されているということがわかるのでは。

(無題) 削除/引用 No.6719-7 - 2018/02/23 (金) 10:43:30 - mon >mRNAとは違う領域(遺伝子間)で発言があるRNAに関しては、mRNAがないので判断出来かねるのかなと思ったのですが、どうなのでしょうか？ それはその通りです。。おおさんの提案された方法で判定できると思います。 なお「mRNAがないので」ではなく、どちらの鎖を基準と（あなたが判断）するか、ですね。 また非特異的転写産物にpolyA等があるか不明です（おそらくない）。その意味でも一般的な定義のｍRNAといえないので別の表現(用語）があったと思います。

(無題) 削除/引用 No.6719-5 - 2018/02/23 (金) 10:00:46 - さば 〉逆向きのRNAは正向きのRNAとは違うスプライシングパターンになる についてお聞きしたいのですが、mRNAと同じ領域の逆鎖から転写されたRNAならそのように判断できると思うのですが、mRNAとは違う領域(遺伝子間)で発言があるRNAに関しては、mRNAがないので判断出来かねるのかなと思ったのですが、どうなのでしょうか？ わかりにくい言い方で申し訳ありません。

(無題) 削除/引用 No.6719-4 - 2018/02/23 (金) 09:44:50 - mon > 程度の問題もあるかもしれませんがそんなにいたるところで両方の鎖からのRNAができてますか？ ごくごく微量ですが、ゲノム全体(非特異的?)で転写・翻訳が起きています。MHCに拘束されているpeptide配列の網羅的に読んだところintronやUTR、CDRとは逆向きのRNA由来の配列が見つかったという講演を聴きました。 またPCRがなかった頃の論文でMyc遺伝子の逆向き転写産物が検出されていて、その意義が問われていました。

(無題) 削除/引用 No.6719-3 - 2018/02/23 (金) 06:59:34 - おお 昔はノーザンでアンチセンスプローブとセンスプローブを使い認識できるのでそんなに難しく考える必要はなかったですけどね。。。まあいまでもノーザンを使えるわけで、、、 また、cDNAを作る際にスペシフィックプライマーを使えばどちらの鎖のか判断できます。 程度の問題もあるかもしれませんがそんなにいたるところで両方の鎖からのRNAができてますか？

(無題) 削除/引用 No.6719-2 - 2018/02/23 (金) 06:35:42 - mon さばさんが懸念しているように、同じexon上にprimerを設定すると、ゲノム由来配列が増幅したり、どちらの鎖由来cDNAか判定できません。 それらを避けるため、ゲノムのintronを挟んだexon上にprimerを設定します。 正常にスプライシングされたRNA由来のcDNAを増幅することが出来ます。 逆向きのRNAは正向きのRNAとは違うスプライシングパターンになる（あるいはスプライシングされない）はずですから増幅産物の長さで区別出来ます。

アンチセンス鎖の発現解析 削除/引用 No.6719-1 - 2018/02/23 (金) 00:50:00 - さば 実験を行なっていて疑問に思ったことがあるので、教えて頂きたいです。 ある遺伝子の発現解析をしたいときにcDNAを合成してから目的の配列を増幅させるプライマー(フォワード、リバース)でPCRを行うという認識でいます。そこで、センス鎖とアンチセンス鎖から発現しているRNAは沢山あると思うのですが、どのようなやり方でどっちの鎖から発現しているRNAなのかを調べるのでしょうか？ 私のPCRの知識が間違っていたら申し訳ないのですが、フォワードとリバースのプライマーで組むと２本鎖どちらも増幅されるため、どっちの鎖から発現があったのか分からないと思ったのですが……

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