Bio Technical フォーラム

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PCRの基本的な質問 トピック削除
No.6699-TOPIC - 2018/02/17 (土) 06:32:51 - kotaro
基本的な質問で申し訳ありません。
あるプラスミドに含まれている4Kbpほどの配列だけを、PCRで増幅させようとしています。
このときは、@目的配列のそれぞれ5末端配列をプライマーとして、templateはプラスミドそのものを用いるのですか?
それともA目的配列を含むようにプラスミドを制限酵素で切断したものを、templateにする必要があるのですか?
@だと、最終的にプラスミド全長ができてしまうのではないかと思うのですが…??
 
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.6699-3 - 2018/02/17 (土) 18:12:22 - kotaro
おおさん
明快な回答を有難うございます。大変よく理解できました。

(無題) 削除/引用
No.6699-2 - 2018/02/17 (土) 08:33:13 - おお
どっちでもいいです2番目にする必要はあまりないですが、プラスミド全体でやるとノンスペが出たりしてうまくPCRがかからないなどの事情があれば2番目でやるのもありです。

@だと、最終的にプラスミド全長ができてしまうのではないかと
環状ですから伸長反応をすごく長くすれば結構複雑な反応になるという理屈は否定しませんが、長くなればなるほどかかりにくくなるのと、伸長反応時間は大体必要な長さのものができるように設定できます。

Fプライマーから伸びたものにRプライマーがアニーリングすれば、Fプラマーの5’側にはDNAがないわけですからそれより先へと伸長反応が起こることはありません。

PCRの基本的な質問 削除/引用
No.6699-1 - 2018/02/17 (土) 06:32:51 - kotaro
基本的な質問で申し訳ありません。
あるプラスミドに含まれている4Kbpほどの配列だけを、PCRで増幅させようとしています。
このときは、@目的配列のそれぞれ5末端配列をプライマーとして、templateはプラスミドそのものを用いるのですか?
それともA目的配列を含むようにプラスミドを制限酵素で切断したものを、templateにする必要があるのですか?
@だと、最終的にプラスミド全長ができてしまうのではないかと思うのですが…??

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