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結合サイトの少ない転写因子の探し方
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No.6691-TOPIC - 2018/02/15 (木) 11:28:03 - tfa
c-Mycなどとは対称的にかなり限られたサイトにしか結合しない転写因子を探しています。こういったもので有名な転写因子、またはそれらを見つけることのできるデータベースなどをご存知の方がいればご教授ください。
自分では適当なChIP-Seqのデータをひたすら漁るくらいしか思いつきませんでした。
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No.6691-3 - 2018/02/15 (木) 19:33:14 - tfa
おおさん
組織特異的ではなく培養細胞でも扱えるものがすぐ出てくるとはありがとうございます。核内での非特異的結合についてMycなどと比較するような観察をしていこうと思っているのですが、その際に利用するかもしれません。
(無題)
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No.6691-2 - 2018/02/15 (木) 12:33:44 - おお
http://genesdev.cshlp.org/content/4/6/1023.full.pdf
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867405004459
これは神経特異的な遺伝子を他の細胞で発現抑制しているコンセンサスとして見つかったんだけどその配列が20ベースほどでかなり長くそんなにゲノム上に多くない。
結合サイトの少ない転写因子の探し方
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No.6691-1 - 2018/02/15 (木) 11:28:03 - tfa
c-Mycなどとは対称的にかなり限られたサイトにしか結合しない転写因子を探しています。こういったもので有名な転写因子、またはそれらを見つけることのできるデータベースなどをご存知の方がいればご教授ください。
自分では適当なChIP-Seqのデータをひたすら漁るくらいしか思いつきませんでした。
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