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(無題) 削除/引用 No.6677-8 - 2018/02/13 (火) 12:04:46 - xyz 小言幸兵衛さん いえ全く問題ありません。 単に私自身がssDNAではフェノール抽出の経験がないので、ただなんとなく上手くいくだろうという予想でやってみて結果のいかんを検討するよりは、事前に分かる人に確認を取っておきたかったのです。 原理的に問題ないとは思うのですが、何事も初めては慎重にやりたいもので。。。 フェノール抽出で効率よく抽出できるのであれば試してみようと思います。 ご指摘ありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.6677-7 - 2018/02/13 (火) 11:13:46 - 小言幸兵衛 フェノール抽出の何が問題なのですか？

(無題) 削除/引用 No.6677-6 - 2018/02/13 (火) 11:00:18 - xyz おおさん、monさん ご提示のprotocolですが、恥ずかしながら透析膜は扱った経験がないため もう一方の結合bufferを増やすという簡便な方法を試してみます。 この方法、調べてみるとNEBのモナークという抽出キットでも推奨されていますが、 https://www.neb.com/protocols/2015/11/23/monarch-pcr-and-dna-cleanup-kit-protocol 他社のカラムとそのbufferでも上手くいくかどうか検討致します。 ssDNAがシリカ系カラムに結合しにくいというのはキアゲンの抽出キットのQ&Aでも指摘されていたと記憶しております。2次構造も影響するのだとか。

(無題) 削除/引用 No.6677-5 - 2018/02/13 (火) 08:14:21 - mon 記憶が曖昧で申し訳ないのですが、間違っているかもしれませんが、 シリカ系カラムへの結合に関してssDNAはdsDNAより弱い(結合しにい）ので、結合buffer（ゲル溶解液）量を増やす(５倍程度）と回収率が上がるかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.6677-4 - 2018/02/13 (火) 03:35:28 - おお http://cshprotocols.cshlp.org/content/2006/1/pdb.prot4023.short How about this, I am not sure how good in terms of yield though.

(無題) 削除/引用 No.6677-3 - 2018/02/12 (月) 23:00:23 - xyz I use 1.5% agarose gel.

(無題) 削除/引用 No.6677-2 - 2018/02/12 (月) 22:52:56 - おお agarose or page?

ssDNAの精製方法 削除/引用 No.6677-1 - 2018/02/12 (月) 22:25:16 - xyz FastGeneを使っています。 1kb程度のssDNAをゲルから切り出してカラム精製すると、アプライした量の1/3程度しか(もっと少ない場合も)回収できません。 FastGene自体がssDNAに最適化されたものではないのは、まぁそうだろうなと思いますが、専用のカラムを買うほど何度も使用する予定もありません。 そこでオススメの抽出方法がありましたら教えて頂けると助かります。 素直にフェノクロすればもっと回収量が上がるのでしょうか。。。

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