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DNAのカラム抽出におけるBufferについて トピック削除
No.6637-TOPIC - 2018/01/30 (火) 21:23:11 - ゆう
いま研究室でPureLink™ Genomic DNA Mini KitをつかってDNA抽出をしています。

このKitにはWash Bufferが2種類あって、Wash Buffer1を500μl入れて遠心、次にWash Buffer2を500μl入れて遠心しますが、次に処理しようとしているサンプル数分のBuffer1がありません。1サンプルにつき100μlあてれるぐらいです。

ここで質問です。
●Wash Bufferはやはり2種類とも必要でしょうか。2だけではだめでしょうか。
●Wash Buffer1が1/5量では適正な洗浄ができませんでしょうか。

メーカーごとにBufferの組成は企業秘密のようですが、普段はフェノクロ抽出をしているので、70％エタでの洗浄と同じ目的だとすれば、Wash Buffer2だけでも大丈夫なのかなぁと感じています。

どなたかご教示くださいますようお願いします。
　
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(無題) 削除/引用
No.6637-6 - 2018/02/03 (土) 09:03:51 - TK-1
中身が分からないのを想像で変なバッファーを使うより、新しいキットごと買うか、genome DNAの精製くらいならきっとなんかいらないでしょう。

(無題) 削除/引用
No.6637-5 - 2018/02/03 (土) 08:56:10 - おお
まあ同じことの繰り返しを書いてるけど最初のバファーはLysis bufferに近い組成で、Lysis bufferのような組成で洗い流せるものを洗浄するということだろうと思います。Lysis bufferは多分結合に有利なようにWashing bufferより確実につくようになっていたりサンプルによる希釈を最大限に見積もったりしているでしょうから、Washing bufferは目的のDNAに対する特異性という意味でベストな条件に整えて夾雑物をのぞけるというふうな感じかなと。２番目はアルコールを含むバッファーでよくシリカ系で使われるものだと思います。

どうしてもというときは１番目のバッファーはLysis Bufferで代用できるのかもしれません。

知らないで書いているので適当です。

(無題) 解決済み 削除/引用
No.6637-4 - 2018/02/02 (金) 13:19:17 - ゆう
Bufferのみは注文したんですが納期がかなり先で、急いで済ませたいサンプルがあったのでどうしようか迷っていました。

APさん、monさん、アドバイスありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.6637-3 - 2018/01/31 (水) 13:10:02 - mon
シリカ系の精製カラムなら、以下の処方が使えるかもしれませんが、全く責任もてません。
Wash soln 1: 4M guanidine hydrochloride/40%isopropanol to reduce levels of endotoxin lipopolysaccharide, RNA, and protein

(無題) 削除/引用
No.6637-2 - 2018/01/31 (水) 11:56:48 - AP
多分、一段目の洗浄液にはlysis solnの成分の一部（変性剤、界面活性剤）などが含まれていて、タンパク質など可溶成分を洗っているんじゃないかと思う。プラスミド、PCR産物、ゲル抽出などでは洗浄液は一種類であるのがほとんどだと思うがマテリアルが組織であることからの要請ではないか。

割高になるかもしれないが、各専用試薬、バラ売りもしているようだけど？

DNAのカラム抽出におけるBufferについて 削除/引用
No.6637-1 - 2018/01/30 (火) 21:23:11 - ゆう
いま研究室でPureLink™ Genomic DNA Mini KitをつかってDNA抽出をしています。

このKitにはWash Bufferが2種類あって、Wash Buffer1を500μl入れて遠心、次にWash Buffer2を500μl入れて遠心しますが、次に処理しようとしているサンプル数分のBuffer1がありません。1サンプルにつき100μlあてれるぐらいです。

ここで質問です。
●Wash Bufferはやはり2種類とも必要でしょうか。2だけではだめでしょうか。
●Wash Buffer1が1/5量では適正な洗浄ができませんでしょうか。

メーカーごとにBufferの組成は企業秘密のようですが、普段はフェノクロ抽出をしているので、70％エタでの洗浄と同じ目的だとすれば、Wash Buffer2だけでも大丈夫なのかなぁと感じています。

どなたかご教示くださいますようお願いします。
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