Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

Image J で特定のスライドだけをスタックする トピック削除
No.6614-TOPIC - 2018/01/23 (火) 18:52:32 - 画像
zeiss LSM710 で撮影した z セクションの連続画像100枚があります。
.lsm 形式で保存したファイルを Image J で開け、20-30番目のスライスだけをスタックした画を作りたいです。
Image J のソフト上で、
Image→stacks→Z project と選択すると、何番めから何番めのスライスをスタックさせるのかを指定するウィンドウが開きます。この時、開始、終了いずれの数字も変更できないのですが、何か間違っているでしょうか。デフォルトで「1」「100」 と書いてあるボックスを選んでアクティブにすることはできますが、この数字を消すことさえできません。
何が間違っているかわからないのでご助言をお願いできればと思います。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



5件 ( 1 〜 5 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.6614-5 - 2018/01/25 (木) 08:51:51 - アラフォー
みなさま
ありがとうございました。
S 様の方法も良いと思って試したところ、Make Substack の時、ボックス内に数字を書き込めませんでした。一連のことから、これは私の Mac の動作環境・Image J との互換性の問題だと思います。ちなみに、OS10.13.1 です。
S 様も書かれている通り、私のパソコンでも数年前は私が書いた方法で目的の画を得られていました。
と言うことで、OS が変わらない限り解決しないかも知れません。

(無題) 削除/引用
No.6614-4 - 2018/01/24 (水) 19:06:04 - S
連続画像100枚 を stack として開いた後、
Image→stacks→tools→Make Substack
で指定した画像のみの Substack を作成し、Z project でいかがでしょうか?
ちなみに、私の環境( Mac OS 10.10.5) では Image→stacks→Z project の指定ウィンドウで開始・終了ともに変更できました。

(無題) 削除/引用
No.6614-3 - 2018/01/24 (水) 09:20:34 - J
面倒ですが、私は各層毎に上かたA001, A002, ---,A100等と名前を付ける。
次に、File→import→Image sequence→抽出したい一番若い番号を入力→重ねたい枚数を入力する
とやりました。

(無題) 削除/引用
No.6614-2 - 2018/01/23 (火) 20:56:37 - qq
Z-projectionは、stackをZ方向に投射して一枚の画像にすることじゃないかなあ。

100枚のスタックがあるとして、
Image > Duplicate
で、duplicate stackにチェック
その下のRangeに20-30
で実行すれば、うまく行きませんか?

Image J で特定のスライドだけをスタックする 削除/引用
No.6614-1 - 2018/01/23 (火) 18:52:32 - 画像
zeiss LSM710 で撮影した z セクションの連続画像100枚があります。
.lsm 形式で保存したファイルを Image J で開け、20-30番目のスライスだけをスタックした画を作りたいです。
Image J のソフト上で、
Image→stacks→Z project と選択すると、何番めから何番めのスライスをスタックさせるのかを指定するウィンドウが開きます。この時、開始、終了いずれの数字も変更できないのですが、何か間違っているでしょうか。デフォルトで「1」「100」 と書いてあるボックスを選んでアクティブにすることはできますが、この数字を消すことさえできません。
何が間違っているかわからないのでご助言をお願いできればと思います。

5件 ( 1 〜 5 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。