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タンパク質の濃度確認 トピック削除
No.6553-TOPIC - 2017/12/30 (土) 21:14:52 - 斎藤
SDS-PAGE用にタンパク調製を行っているのですが、
ブロモフェノールブルー入りの2x SDS-sample bufferで調製したサンプルにおける、タンパク濃度を測る簡易的な方法を探しています。

ラボではBCA assay による計測を行っていますが、BPB入りの調製済みサンプルを再度、濃度確認を行いたいです。

他キットによる方法はあるようですが、できる限り簡易的な方法で行いたいです。

お知恵お貸しください。
 
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No.6553-5 - 2017/12/31 (日) 07:12:16 - mon
アア、kitはご存じでしたね。
以下にタンパク回収法が記載されています。
アセトン沈殿法、TCA/アセトン沈殿法、クロロホルム/メタノール法あたりで、還元剤・BPBが除けると思います。
http://www.learningatthebench.com/protocols-of-protein-precipitation.html

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No.6553-4 - 2017/12/31 (日) 06:45:47 - おお
乙さんの4ですが、SDSPAGEでサンプルがスタッキングゲルをまたいだところで止めると、速くすみますしバンドが広範囲にあってバックグランドとか設定しにくいというのを避けられます。

ドットかスロットブロットして膜をポンぞーなどで染めて定量という事もできるかと思いますが、サンプルバッファーのSDSがちょっと高濃度すぎると思いますので適切なバッファーに薄める必要があるでしょう。まあ数マイクログラムもあれば十分なので、ボリュームも数マイクロLくらいだろうから希釈しても方法論的にはありえるボリュームになるでしょうけど。

ちょっと前の質問で泳動し、(多分転写後)に蛍光でグローバルスタンダダイズする方法が示されてましたけど。

分子量的にはゲルろ過(スピンカラムとか)って使えないだろうか、、、色素が抜けてもSDSはどうかなというのはあるし、抜けないほうがカラムにつまらなくていいのだけど(なので0.1%は入れておきたい気がするがかといってすべての蛋白が抜けてくるかというと保証はできない)、ブラッドフォードが使いにくいし、BCAは通常のやつはメルカプトエタノールがねぇ。。。これも分子量的には抜けそうだけど結構な量入ってるし。たしかに界面活性剤除去処理をしてブラッドフォードができるキットもあるようだし、還元剤が入っていても前処理で図れるようになるキットもあるけどね。

もっと面倒な方法は一度アセトンなどで沈殿して、再溶解。再溶解は6%Ureaでなるべく加熱などはさけて、すぐ使うならこれが溶解するのにベストと思っている。BCAが使えるし。

(無題) 削除/引用
No.6553-3 - 2017/12/31 (日) 06:38:52 - mon
経験は無いけど、TCA沈殿して80% EtOHで沈殿をリンスするとBPBは抜けるかも。
あるいは、ただのEtOH沈殿か(2~5倍量のEtOHを加えて遠心)。
基本的に色素は有機溶媒に溶ける(分配される)ので、フェノール処理>水層・中間層を取りEtOH沈殿とかも良いかも。
などと書いたところで、[BPB タンパク定量]でググルと、kitがあるようです。
http://www.learningatthebench.com/how-to-measure-protein-concentration-of-sample-in-laemmli-buffer.html
http://aproscience.com/item/397/

(無題) 削除/引用
No.6553-2 - 2017/12/30 (土) 22:06:17 - 乙
たいへん難しいですが、いくつか案があります。

1.まだメルカプトエタノールを入れていなくて、かつ10倍くらいに希釈してもいいくらい蛋白質濃度が高いことが予想される場合。
→希釈してBCA法でいけるかもしれません。BPBの青が困り者ですが、コントロールとしておなじsample buffer(同じ濃度のPBP含む)を同じように希釈したものを使ってPBPの青の影響を差し引けばなんとかなるようにおもいます。

2.メルカプトエタノールを入れてしまっている場合。
→最近は還元剤の影響をうけない新しいBCA法の変法のkitもあるようなので調べてみる。

3. 他の定量法
→しばらく前までかなり普及していたブラッドフォールド法はSDSが邪魔するので現状ではBCAくらいしか思い浮かばない。


4. 正攻法での蛋白質濃度定量はどうも無理っぽい、それでもどうしても濃度が知りたいという場合。
→取り敢えず適当な量を取って泳動する。同じゲルには蛋白質濃度既知の同じサンプル(同じ細胞/組織から同じように抽出したサンプル)を1つ並べて泳動する。そのあとクマシーで蛋白質バンドを染める。Image Jでそれぞれのレーンについて全体を長方形で囲み定量する。既知試料のデータから、μg/laneのときバンドの定量値はこのくらいという情報を得る。それをもとに、濃度未知試料のバンド定量値とアプライ容量から、そのの濃度を計算する。

5.まだ試料があって再度調製し直せる場合。
→無理なことせずに調製し直した方がいい。

タンパク質の濃度確認 削除/引用
No.6553-1 - 2017/12/30 (土) 21:14:52 - 斎藤
SDS-PAGE用にタンパク調製を行っているのですが、
ブロモフェノールブルー入りの2x SDS-sample bufferで調製したサンプルにおける、タンパク濃度を測る簡易的な方法を探しています。

ラボではBCA assay による計測を行っていますが、BPB入りの調製済みサンプルを再度、濃度確認を行いたいです。

他キットによる方法はあるようですが、できる限り簡易的な方法で行いたいです。

お知恵お貸しください。

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