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(無題) 削除/引用 No.6540-4 - 2017/12/23 (土) 13:06:54 - 服部 トピ主です。 おおさま、APさま、ありがとうございます。 PHI-Blastは見当たらず、使えなかったのですが、APさまから教えていただいたサイトを用いたところ、確かに私が求めていることができました。ありがとうございました。 ただ、おおさまにご指摘いただいたように、非常に多くのタンパク質があがっており、（20000以上でした。）一つずつ確認することは困難そうです。できれば、ゴルジ、や小胞体、などモチーフを持つタンパク質をさらに限定するようなふるいがないと現実的ではなさそうです・・。 どうにかこれを用いていい方法はないでしょうか。。

(無題) 削除/引用 No.6540-3 - 2017/12/23 (土) 09:41:24 - AP motifによる検索に特化したプログラムを使うのがいいかも。 例えば http://www.genome.jp/tools/motif/MOTIF2.html https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_pattinprot.html

(無題) 削除/引用 No.6540-2 - 2017/12/23 (土) 07:25:41 - おお PHI-BLAST (Pattern Hit Initiated BLAST) [LIVMF]-G-E-x-[GAS]-[LIVM]-x(5,11)-R-[STAQ]-A-x-[LIVMA]-x-[STACV]. こんな感じでパターンを示すことができます。疎水性のアミノ酸を指定したければ［ ］内に疎水性のアミノ酸を入れるといいです。 [ ] means any one of the characters enclosed in the brackets e.g., [LFYT] means one occurrence of L or F or Y or T - nothing, used as a spacer to clearly separate each position x with nothing following means any residue (n) means the preceeding residue is repeated 5 times (m,n) the preceeding residue is repeated between m to n times (n > m) https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=BlastHelp#phi_pattern ただし、 Query Sequenceは入れないと検索してくれないかと。なのでそのパターンを含んだホモロジーサーチになりますので、そのモチーフそのものの検索にはなりません。 また、お示しのような配列はタンパク質一つに一個ぐらい出てきそうですけど、、、

データベースサーチで任意のアミノ酸の扱い方 削除/引用 No.6540-1 - 2017/12/23 (土) 06:47:04 - 服部 お世話になります。 ある蛋白質分解酵素のコンセンサス配列（4つの連続したアミノ酸配列）が知られています。 その中には必ずP4の位置はアルギニンであるのですが、それ以外は任意のアミノ酸だったり疎水性アミノ酸だったりとなります。 このコンセンサス配列を元に新規基質を同定しようとした場合、Blastp (Protein search with Blast)でできないか検討中です。ただ、疎水性アミノ酸をどう入力してよいのか、また任意なアミノ酸をどう入力してよいのかわかりませんでした。少なくとも、任意のアミノ酸をXと入力すると、エラーが生じました。 調べてはみたものの、世界標準での決まりはないように思えました。 やはりひとつずつの具体的な4つのアミノ酸配列を入れて、ブラストサーチするのが一般的なのでしょうか？ すみませんが、教えてもらえると嬉しいです。

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