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2つの構造のSuperimpositionについて。 トピック削除
No.6527-TOPIC - 2017/12/15 (金) 04:11:21 - オーバーレイ
タンパク質の3D構造の比較をしたいと思っていますが、5-6年前に使用していたTopMatchはもうサポートされていないようです。

手元にあるデータは、PDBからダウンロードしたオリジナルのデータをもとに、Pymolで変異導入した構造情報を重ね合わせしたいのですが、良いフリーのサイトをご存知でしたら教えていただけませんでしょうか。よろしくおねがいいたします。
　
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No.6527-8 - 2017/12/18 (月) 15:17:45 - doi
FoldXというソフトで変異による安定性変化(ddG)の計算や変異体の構造最適化ができます。

http://foldxsuite.crg.eu/

(無題) 削除/引用
No.6527-7 - 2017/12/17 (日) 08:52:07 - おお
詳しいことはわからないのですが、安定性がキロカロリーで計算されていると思います。なのでそれによってある程度構造が変わる可能性が推測できるかもしれません。

(無題) 削除/引用
No.6527-6 - 2017/12/16 (土) 14:00:16 - トピ主
トピ主です。toto様ありがとうございます！

やはりpymolで変異を導入しても、主鎖は変わらないのですね。
もちろん側鎖は変わっていますが。

swiss-modelも最初ためしたんですが、構造が目に見えて変わらなかったんですよね。。もう一度やってみます！ありがとうございます！

(無題) 削除/引用
No.6527-5 - 2017/12/16 (土) 10:34:22 - toto
Pymolではアミノ酸を変えただけだったのですね。変異による構造予測や似たものの予測には、Swiss-model
https://swissmodel.expasy.org/interactive
が便利です。以前探したとき、他にもありましたが、簡単なこちらに落ち着いてます。どれくらい良い予測かは知りませんが。

(無題) 削除/引用
No.6527-4 - 2017/12/16 (土) 01:47:29 - オーバーレイ
doi様、WInter-8様、

ありがとうございます！
pymolでできました！

すみません。構造は素人で、手探りで学んでいるものです。

＞オリジナルのデータに部分的に変異導入しただけなら、すでに重なっているのでは？

本当でした。
てっきりpymolで変異導入すれば、若干の構造の歪み等が生じてくれるのかと思っていました。
そのような構造予測というのでしょうか、そういったことは期待できないのでしょうか？
そうであれば、どのようなソフトを用いるべきでしょうか？
昔、MOEを使ってシミュレーションをしていただいたことがありますが、私自身は経験がありません。。

(無題) 削除/引用
No.6527-3 - 2017/12/15 (金) 18:47:25 - WInter-8
doiさんのコメントのようにPymolのalignでもできますが、
オリジナルのデータに部分的に変異導入しただけなら、すでに重なっているのでは？

尚、特定の部位について重ね合わせをするとか、RMSDを計算するとかであれば、専用のプログラムもあります。

(無題) 削除/引用
No.6527-2 - 2017/12/15 (金) 18:29:33 - doi
pymolでやればいいのでは

http://www.protein.osaka-u.ac.jp/rcsfp/supracryst/suzuki/jpxtal/Katsutani/rmsd.php

2つの構造のSuperimpositionについて。 削除/引用
No.6527-1 - 2017/12/15 (金) 04:11:21 - オーバーレイ
タンパク質の3D構造の比較をしたいと思っていますが、5-6年前に使用していたTopMatchはもうサポートされていないようです。

手元にあるデータは、PDBからダウンロードしたオリジナルのデータをもとに、Pymolで変異導入した構造情報を重ね合わせしたいのですが、良いフリーのサイトをご存知でしたら教えていただけませんでしょうか。よろしくおねがいいたします。
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