Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

PCRでバンドが2つ現れる トピック削除
No.6526-TOPIC - 2017/12/15 (金) 01:30:43 - rice
学部生です。
卒業研究でPCRを行っていますが、以前までバシッと一本で出ていたバンドが2本になる現象に遭遇し当惑しています。

現在、ベクターを鋳型に、インサートした配列をT7、SP6プロモーターのプライマーで増幅させています。
・インサート配列はMCS含め600bp前後
・ポジコンはすでにT7-SP6で増幅させたDNA
・PCRはGo taq、検出はアガロースゲルとミドリグリーンを使用

1ヶ月前までは1つのバンドが得られていましたが、
最近になり、目的のバンドの100bp下にもう一つ薄いバンドが出るようになりました。インサート配列の異なる4サンプルで同様です。
泳動した後のゲルをエチブロで再染色して観察しましたがそちらも2つのバンドでした。
また、アニーリング温度を60℃から65℃に挙げてみましたが、サンプルはPCRがかからずポジコンは2つのままでした。
試薬を変えても変化ありません。

原因が分かる方いましたらよろしくお願いいたします。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



5件 ( 1 〜 5 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.6526-5 - 2017/12/15 (金) 12:26:27 - rice
ありがとうございます。
試します。

(無題) 削除/引用
No.6526-4 - 2017/12/15 (金) 11:57:24 - AP
50xTAEを1/50 vol入れとくのが簡単です。

(無題) 削除/引用
No.6526-3 - 2017/12/15 (金) 11:16:09 - rice
>AP様

ご指摘ありがとうございます。

DyeはTOYOBO社の6xのものを使用してます。
泳動サンプルですが、96wellを用いて予めDye:ミドリ=2:1uLで調整したものを分注してPCR産物を8uL加えて泳動しています。


素人質問で申し訳ないのですが、
バッファーするというのは、DyeをTAE等で希釈しておけば大丈夫でしょうか?pHの偏りにもよると思いますが、希釈の目安をご教授いただければ幸いです。

(無題) 削除/引用
No.6526-2 - 2017/12/15 (金) 08:29:44 - AP
泳動サンプルの調製方法は?
ローディングダイはどういうのを使って、どういう割合で混ぜてる?
普通のローディングダイはバッファーされていないので、かなりpHが偏っていたりする。使い方によってはDNAの変性やチャージの変化が起こり移動パターンがおかしくなる。
ローディングダイをあらかじめTAEやTEでバッファーしておくと安心。

PCRでバンドが2つ現れる 削除/引用
No.6526-1 - 2017/12/15 (金) 01:30:43 - rice
学部生です。
卒業研究でPCRを行っていますが、以前までバシッと一本で出ていたバンドが2本になる現象に遭遇し当惑しています。

現在、ベクターを鋳型に、インサートした配列をT7、SP6プロモーターのプライマーで増幅させています。
・インサート配列はMCS含め600bp前後
・ポジコンはすでにT7-SP6で増幅させたDNA
・PCRはGo taq、検出はアガロースゲルとミドリグリーンを使用

1ヶ月前までは1つのバンドが得られていましたが、
最近になり、目的のバンドの100bp下にもう一つ薄いバンドが出るようになりました。インサート配列の異なる4サンプルで同様です。
泳動した後のゲルをエチブロで再染色して観察しましたがそちらも2つのバンドでした。
また、アニーリング温度を60℃から65℃に挙げてみましたが、サンプルはPCRがかからずポジコンは2つのままでした。
試薬を変えても変化ありません。

原因が分かる方いましたらよろしくお願いいたします。

5件 ( 1 〜 5 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。