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(無題) 削除/引用 No.6503-10 - 2017/12/05 (火) 00:57:26 - おお スプライシングの位置が一塩基ずれていたりしませんか？そのばあい３’、５’ともずれてないとフレームがずれてしまいますけど、、、

(無題) 削除/引用 No.6503-9 - 2017/12/04 (月) 22:58:23 - boba >例えばエクソン１とエクソン２があったとしてエクソン１の３’側の数塩基とエクソン２の５’側の数塩基がオーバーラップする場所に変異を同定しました。 大変おおきな間違いをしておりました。調べ直したら変異はエクソンの５’側の末端にありました。 ＞その配列のDNAも実験室でもいじってなんかりしていて、コンタミネーションなんてことはなかろうね？ あるかもしれません。ただ一報ではなく三報くらい報告されているのでどうなんですかね いろいろご指摘ありがとうございます。勘違いをしたまま先に進まなくてほんと良かったです。

(無題) 削除/引用 No.6503-8 - 2017/12/04 (月) 17:23:46 - AP >例えばエクソン１とエクソン２があったとしてエクソン１の３’側の数塩基とエクソン２の５’側の数塩基がオーバーラップする場所に変異を同定しました。 ふつうオーバーラップしないでしょ。したとすれば、エクソン・イントロンの区切りが違うというkとにならんか？

(無題) 削除/引用 No.6503-7 - 2017/12/04 (月) 17:11:20 - AP >もう一つ質問なのですがRNA editingやmisincorporationは一過性の反応あるいは継続する反応なのでしょうか？ RNA editingには決まったパターンがあって再現性継続性があります。 misincorporationは偶然の産物でランダム、PCRでエラーが起こるのと似たようなことです。 >ただ、同定した変異ですが実際のがん患者ですでに論文で報告されていています。こちらもcDNAにて同定してるみたいです。 その配列のDNAも実験室でもいじってなんかりしていて、コンタミネーションなんてことはなかろうね？

(無題) 削除/引用 No.6503-6 - 2017/12/04 (月) 17:04:28 - boba ＜「エクソンとエクソンが重なる塩基に存在」の意味がわかりませんが、altanative splicingに関係しますか？ 例えばエクソン１とエクソン２があったとしてエクソン１の３’側の数塩基とエクソン２の５’側の数塩基がオーバーラップする場所に変異を同定しました。 ＜pseudogene由来 なるほどRNAだけでは判断するのはあぶないですね ＜mutually exclusive exons ゲノムであるか確認してみます。大変参考になります。

(無題) 削除/引用 No.6503-5 - 2017/12/04 (月) 16:51:56 - boba 返信ありがとうございます。 大変参考になります ーどのような方法でとってどのように解析された結果でしょうか SuperScript® III逆転写酵素でcDNAを作成しダイレクトシークエンスにてヘテロのピークを確認しました。また,確認した変異の領域を増やしプラスミドに組み込み大腸菌で増やしたのちコロニーをいくつか選択してシーケンスで変異の頻度を確認しました。変異の頻度は低く約 10％ほどでした（ちなみにダイレクトシーケンスで確認したピークも同様に低いです）。 変異ですがミスセンス変異です。 ただ、同定した変異ですが実際のがん患者ですでに論文で報告されていています。こちらもcDNAにて同定してるみたいです。 RNA editingは知りませんでした。調べてみようと思います。 もう一つ質問なのですがRNA editingやmisincorporationは一過性の反応あるいは継続する反応なのでしょうか？ じつは継代している細胞株から何回かcDNAから作成しても同様に変異を同定したので一過性の反応ではないと思われます。 宜しくお願いします。

(無題) 削除/引用 No.6503-4 - 2017/12/04 (月) 16:45:06 - おお たまにmutually exclusive exonsとか言って、一方のエクソンが取り込まれると他方が取り込まれないことがあります。その両方のエクソンがほぼ一緒でアミノ酸の違いが１つだけということもあると思います。 稀ですがRNA editingという現象もあります。

(無題) 削除/引用 No.6503-3 - 2017/12/04 (月) 16:13:25 - mon 「エクソンとエクソンが重なる塩基に存在」の意味がわかりませんが、altanative splicingに関係しますか？ RNA editingがもしかしたら原因かもしれませんが、1塩基置換なら、pseudogene由来のmRNA（の一部配列）をみている可能性が高いかも。

(無題) 削除/引用 No.6503-2 - 2017/12/04 (月) 16:09:55 - AP >あるCancer cell line のmRNA上に点突然変異を同定しました。 どのような方法でとってどのように解析された結果でしょうか？ それは、どれくらいの頻度で出てくるんでしょうか？ それはミスセンス、ナンセンス？ RNA polymeraseには校正活性がないのでRNA一分子だけ見るとmisincorporationで塩基置換が生じていてもおかしくないです。 あとは、RNA editingで特定のRNA上の塩基が特定の塩基に置換されるケースもあります。そういう事例と照らし合わせて可能性がないか検討してみては？

突然変異の獲得機序 削除/引用 No.6503-1 - 2017/12/04 (月) 15:18:59 - boba 大変基本的な質問になってしまい申し訳ありません ただ、どうしても発生機序がわからずお力を貸していただきたいです。 あるCancer cell line のmRNA上に点突然変異を同定しました。ただこの変異はgDNA上では確認することができませんでした。 ちなみに同定した変異はmRNAのコーディング領域にあり、エクソンとエクソンが重なる塩基に存在します。 このような場合どういった機序でmRNAに変異を獲得する可能性が考えられるでしょうか。宜しくお願いします。

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