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(無題) 削除/引用 No.6499-9 - 2017/12/04 (月) 09:12:20 - おお https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&BLAST_SPEC=blast2seq&LINK_LOC=blasttab Blast２をつかったらどうですか？

(無題) 削除/引用 No.6499-8 - 2017/12/04 (月) 00:23:09 - て おおさんありがとうございます。 切れるところのアミノ酸配列をワードの文字検索でこのあたりが切れそうだなと予想するのは全くやり方が違うでしょうか？ 知識不足ですいません。

(無題) 削除/引用 No.6499-7 - 2017/12/03 (日) 09:43:01 - おお 文字化けしてしまいました。 >人の場合は487 ↔ 604のSS結合 ->人の場合は487-604のSS結合 >人の487 ↔ 604に相当する ->人の487-604に相当する >人の場合495 – 721はPeptidase S1ドメイン ->人の場合495-721はPeptidase S1ドメイン >ZebrafishではPeptidase S1ドメインは477 – 703の位置 ->ZebrafishではPeptidase S1ドメインは477-703の位置

(無題) 削除/引用 No.6499-6 - 2017/12/02 (土) 22:18:56 - qq jalviewの使い方は、自分で調べればなんとかなりますから、TOGOTVでJalviewを調べてみると良いです。 まず、NCBIでちょっと見てみるのであれば、 NCBIのトップに行って、HGF[gene] を調べると、homologeneに１件ヒットします。 ヒトから、サル、犬、ネズミにニワトリ、カエルにゼブラフィシュのHGFのDNAとタンパクの比較が表示されます。 下の方に、 マルチプルアラインメントとペアワイズアラインメントのボックスがありますから、D.rerioのHGFとヒトなどのHGFを比較すれば良いと思います。 イワナの配列を持っているのであれば、BLASTにかければ、より近い配列がたくさん出てくるのではないでしょうか? Atrantic SalmonのHGFは簡単に見つかります。

(無題) 削除/引用 No.6499-5 - 2017/12/02 (土) 19:19:07 - て qqさんありがとうございます。 対応していると言うのは目視で確認したんでしょうか？ まだ経験不足で調べ方がよくわからないのです。魚の種類はイワナです。 対応の確認方法がよくわかりません。教えていただいてもよろしいでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.6499-4 - 2017/12/02 (土) 19:13:15 - おお 人の場合は487 ↔ 604のSS結合でアルファーベーター鎖をつなぎとめてますね。 ZebrafishではそのようなSS結合が見つけられてないようで、そうすると一つの可能性として、SS結合で繋ぎ止めず切り離さず構造を保っている可能性はあるのかなぁと。人の487 ↔ 604に相当するところにCysはありますでしょうか？ 違う角度でみると、人の場合495 – 721はPeptidase S1ドメインになっていて、495は切れる位置ですよね。ZebrafishではPeptidase S1ドメインは477 – 703の位置です。もちろんこういうドメインの境界はやりかた、見方によって端のほうをいれたり入れなかったりするので、そこ前後としか言えませんけど。 アライメントの仕方をグローバルなやり方ですると、少し配列の類似性が落ちてくるとうまく合わせないこともあります、局所を切り取ってBLASTであわせるとましになることもあります。 で、まあ最初に書いたことも考えるよほど配列などの情報でらしいところが見つからない場合やはり切れているかどうかの確証もほしいなあと、、、 http://www.uniprot.org/uniprot/P14210 http://www.uniprot.org/uniprot/A4IGA7

(無題) 削除/引用 No.6499-3 - 2017/12/02 (土) 18:47:04 - qq ＞しかし魚のHGF遺伝子のアミノ酸配列と比べると種が全く違うため ＞アライメントしてもよくわかりません。 そんなことはないんじゃないかなあと思いますが、何の魚のHGFなのか判らんので、なんとも言えません。 NCBIのhomologeneで見てみると、zebrafishだとヒトのHGF454-455付近ともそれなりに対応しそうな感じだけど、どうなんだろうね？ 哺乳類複数から系統樹を遡って魚辺りまでをmultiple-alignmentすると解りやすいのではないかと思います。 Jalviewなどがグラフィカルに解りやすいような気がします。

(無題) 削除/引用 No.6499-2 - 2017/12/02 (土) 16:07:31 - おお 魚では切断が起こっているという確証はありますか？切れるとして切る酵素の特性などわかっていることがありますか？

アミノ酸配列をアライメントで比較 削除/引用 No.6499-1 - 2017/12/02 (土) 14:21:53 - て いま、ヒトHGF遺伝子と魚のHGF遺伝子を比べています。ヒトHGF遺伝子はアミノ酸配列の494.495番目で切断されて二本鎖となることがわかっています。しかし魚のHGF遺伝子のアミノ酸配列と比べると種が全く違うためアライメントしてもよくわかりません。ヒトHGF遺伝子のアミノ酸配列では494.495で切断されますがある魚ではどこで切れるかを調べる際アライメントのどのような点に着目すればいいのか教えてください。

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