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(無題) 削除/引用 No.6484-3 - 2017/12/01 (金) 14:28:21 - CD 自分ではやってないから絶対にできる、とは言えないけど、biomaRtのgetSequenceを使えばstart と endの位置を指定すればその塩基配列を入手できると思う。変異の-1 ~ +1の位置情報を参照リストにすればそれに対応する3塩基が得られるはず。

(無題) 削除/引用 No.6484-2 - 2017/12/01 (金) 09:43:52 - MTP Ensembl等からChromosomeごとのfastqファイルを持ってきて、少し処理してから、Rならsubstr()とか使えないでしょうか。

reference配列 削除/引用 No.6484-1 - 2017/11/25 (土) 17:35:29 - こんろ 癌の遺伝子解析を網羅的に行っています。 molecular signatureの解析のために、 変異があったヌクレオチドの前後のヌクレオチドを知りたいと考えています。 具体的には多数の変異のリストを持っていて、 染色体番号、locationの情報が既にあるので、 その番号の+1、-1番目のreferenceの塩基を網羅的に検索できる方法があればと考えています。 御教示いただけないでしょうか？

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