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イルミナhi seqのFASTQデータについて
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No.6462-TOPIC - 2017/11/17 (金) 14:13:15 -
たか
イルミナhi seq 2500の出力されたデータについて教えてください。
1サンプル(マウス1匹)につき8個のFASTQファイルがありどれがフォワードリードで、どれがリバースリードなのかよくわかりません。
またこれをギャラクシーを用いた解析に使う時に、ばらばらになっているFASTQファイルをつなぎ合わせる作業が必要という事でしょうか。
よろしくお願いいたします。
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No.6462-4 - 2017/11/18 (土) 17:48:06 - MTP
見たところpaired-endのデータですね。
R1が片方のリードで、R2がもう片方のリードになっています。
Galaxyで解析した経験はありませんが、繋ぎ合わせるだけなら
OSがUbuntuとして
cat ~.R1.fastq ~.R1.fastq … > R1.fastq
cat ~.R2.fastq ~.R2.fastq … > R2.fastq
という風に行えば良いと思います。
(無題)
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No.6462-3 - 2017/11/18 (土) 10:42:41 - qq
>ばらばらになっているFASTQファイルをつなぎ合わせる作業が必要という事でしょうか。
そういうことです。それぞれプログラムがありますので、学習されるのがよいと思います。統合TVあたりを見てみても、分かることが多いような気がします。もしくはHi-seqのマニュアルに書いてあんじゃないかな?
こんな感じで8個のデータがあります。
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No.6462-2 - 2017/11/17 (金) 14:14:33 -
たか
こんな感じで8個のFASTQデータがあります。
画像:
https://yahoo.jp/box/N-Ez26
イルミナhi seqのFASTQデータについて
削除/引用
No.6462-1 - 2017/11/17 (金) 14:13:15 -
たか
イルミナhi seq 2500の出力されたデータについて教えてください。
1サンプル(マウス1匹)につき8個のFASTQファイルがありどれがフォワードリードで、どれがリバースリードなのかよくわかりません。
またこれをギャラクシーを用いた解析に使う時に、ばらばらになっているFASTQファイルをつなぎ合わせる作業が必要という事でしょうか。
よろしくお願いいたします。
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