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ノックダウン効率は毎回確認?
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No.6455-TOPIC - 2017/11/15 (水) 15:35:22 -
とし
siRNAで一過性にノックダウンを行い、増殖に対する影響を見ようとしています。
既にノックダウン効率の確認は行っているのですが、本試験として計6細胞、n=3で行う予定のため、毎回増殖アッセイだけでなくノックダウン効率を見るためにタンパクを取るとなると、トランスフェクション試薬もsiRNAもそれだけ余分に使うことになり、コストが跳ね上がってしまいます。
みなさまはどうなさっていますか?やはり毎回確認されてますでしょうか・・・。
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No.6455-5 - 2017/11/18 (土) 03:43:44 - おお
増殖のアッセイ方法によってはアッセイしたWellから蛋白を取ることも可能かもしれません。
蛋白を濃縮したいのであればアセトンやTCAを使えばできないことはないかと。
(無題)
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No.6455-4 - 2017/11/17 (金) 14:18:16 -
とし
おおさん
細胞によっては96穴 12wellぐらい使わないとうまく見れない場合があり、そうするとsiRNAは8種類使うため96穴をフルに使ってしまうんですよね・・・(増殖アッセイに合わせるために6穴などではなくタンパクも96穴で見ています)。
ただlysis bufferをもっと減らして濃く抽出すれば今よりは細胞量節約できるので、その辺りは考える余地があるのかなと思いました。ご意見ありがとうございます。
独り言さん
ご意見ありがとうございます。励みになります。
(無題)
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No.6455-3 - 2017/11/16 (木) 10:18:48 - 独り言
ラボでsiRNAの系が安定してワークしていて、使用しているオリゴでも何度かWBして再現性が取れているのであれば、毎回WBでチェックしなくてもいいと思います。
(無題)
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No.6455-2 - 2017/11/16 (木) 00:32:41 - おお
96穴 1Wellあれば一回ぐらいはWBできますけど。
ノックダウン効率は毎回確認?
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No.6455-1 - 2017/11/15 (水) 15:35:22 -
とし
siRNAで一過性にノックダウンを行い、増殖に対する影響を見ようとしています。
既にノックダウン効率の確認は行っているのですが、本試験として計6細胞、n=3で行う予定のため、毎回増殖アッセイだけでなくノックダウン効率を見るためにタンパクを取るとなると、トランスフェクション試薬もsiRNAもそれだけ余分に使うことになり、コストが跳ね上がってしまいます。
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