Bio Technical フォーラム

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コロニーアッセイのプレートサイズとサンプル量 トピック削除
No.6447-TOPIC - 2017/11/09 (木) 11:50:55 - N.S.
こんにちは。
今行っている実験で、φ90mmのプラスティックシャーレ内の培地に、200μLの菌液を広げてコロニーアッセイをしています。
同じ菌液をのせたプレートを3−5枚ずつ作成し、菌液は5種類ほどあるため、プレートの枚数が多く負担になっています。
そこで、プレートのサイズを大きくすれば、3枚を1枚で済ませられるのではないかと思いφ150mmのシャーレのサンプルを取り寄せたのですが、本当に試して良いものか決めかねています。
シャーレが大きくても、適当な菌液の量やコロニー数は変わらないのでしょうか。
また、大きいシャーレを試す際に気を付けるべきことがあれば教えていただきたいです。

研究室内にバイオ系の実験に詳しい人が他におらず、困っています。
よろしくお願いします。
 
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No.6447-12 - 2017/11/15 (水) 16:06:44 - N.S.
monさん

ありがとうございました。
>蓋を開けておけないようなクリーンベンチは怖いし、滅菌していないラップ(というか箱)からコンタミしそうで怖い。。

確かにその通りです。
弊研究室にはクリーンベンチが1つしかなく、
30枚ほどのプレートを一度に作るとクリーンベンチの半分を占領してしまい、風乾中に他の人が作業することもあり、ラップしていました。
これからは他の人が使うことがないときは全開にします。

(無題) 削除/引用
No.6447-11 - 2017/11/14 (火) 17:20:17 - mon
遠心濃縮で成功するようなので解決したようで何よりですが、
老婆心ながらコメント...
>風乾はクリーンベンチ内であっても蓋を外して放置するのが怖く、ラップで上部を軽く覆って数時間置いておくようにしていました。
3時間くらい風乾しても問題ないと思います(20mL寒天培地が1割くらい乾く程度だと思う)。蓋を開けておけないようなクリーンベンチは怖いし、滅菌していないラップ(というか箱)からコンタミしそうで怖い。。

(無題) 削除/引用
No.6447-10 - 2017/11/14 (火) 16:54:31 - N.S.
ご助言ありがとうございます。

774Rさん
遠心かけて再混濁する方法、『遺伝子工学実験ノート』にも載っていました。
恥かしながら見過ごしていました。
先日、その方法で液量を1/2量にしてそのままの菌液と比較したところ、濃縮液をまいたプレートのコロニーは2+α倍になっていました。
今後この方法を使っていこうと思います。

monさん、おおさん
プレーとを十分に風乾させるのはここ数カ月やっていましたが、液がしみこまず200μLまでと決めた時期より後でした。
風乾はクリーンベンチ内であっても蓋を外して放置するのが怖く、ラップで上部を軽く覆って数時間置いておくようにしていました。

先日300μLで試したところ、さほど時間もかからず浸透しました。

今までに、亀の甲羅のような模様が確認されたことがあったのですが、乾かし過ぎなのではないかと思っていました。
いい具合なのですね。
この模様を目安に風乾を止めることにします。

(無題) 削除/引用
No.6447-9 - 2017/11/09 (木) 18:17:46 - おお
プレートをある程度乾燥する作業をやってなかったらするといいでしょう。プレートを室温で蓋が上の状態でO/N放置するやり方もあります。まあクリーンベンチないでもいいですけど。
300ulは楽勝だと思います。表面が亀の甲羅のような感じになるのがみえる程度になればいい具合に吸収してくれます。

(無題) 削除/引用
No.6447-8 - 2017/11/09 (木) 17:17:56 - mon
寒天培地なら、クリーンベンチで蓋を開けて1時間程度風乾すると1mLくらいなら吸い込むようになります。

(無題) 削除/引用
No.6447-7 - 2017/11/09 (木) 17:15:24 - 774R
>1枚につき菌液300μLだと、浸透させるのに非常に時間がかかるため、200μLを上限としてプレートの数を増やす

どのようなデザインの実験なのか分かりかねますが、液量が多すぎるなら一度遠心で菌を落として、適量の液で再懸濁するわけにはいかないのですか?

(無題) 削除/引用
No.6447-6 - 2017/11/09 (木) 16:40:25 - おお
technical replicateのつもりで何枚かに分けて蒔いているわけではないのですか。

(無題) 削除/引用
No.6447-5 - 2017/11/09 (木) 16:05:51 - N.S.
メッセージありがとうございます。

検出できるコロニー数が少ないので、以前、とりあえずプレートにのせる菌液の量を増やすべきという議論がありました。
ですが、1枚につき菌液300μLだと、浸透させるのに非常に時間がかかるため、200μLを上限としてプレートの数を増やすことで総量としてできるだけ多くの菌液を撒くようにしています。

確かにとても場所を取りますし、扱いにくい大きいプレートで作業するのと大量の小さいプレートで作業するのと、手間としてはあまり変わらないかもしれませんね。
ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.6447-4 - 2017/11/09 (木) 12:50:54 - mon
大きいシャーレの欠点がもう一つありました。
「片手で持てない」ので結構手間。。
中年さんのご指摘(質問)にも同意です。
誤差を考慮している可能性がありますので、指導者と要相談。

(無題) 削除/引用
No.6447-3 - 2017/11/09 (木) 12:30:07 - 中年
technical replicateのつもりで何枚かに分けて蒔いているわけではないのですか。

(無題) 削除/引用
No.6447-2 - 2017/11/09 (木) 12:23:12 - mon
コロニーアッセイは、出現したコロニー数を数えることでしょうか?
もしそうであれば、表面積に応じて、出現コロニー数(液量)を調整すれば良いだけです。
ただし、大きいdishは以下のような欠点がありますので、手間と相談ですね。。
価格が高い(表面積割合以上。汎用されるφ90mmが最安価)
ムラになりやすい(傾きにも注意)
数える数が大きくなるので、面倒(エラーも起きやすい?)
場所(保存スペース)を取る(ほとんどのものは強度補強のため厚みも増える)。
長方形のdishも販売されていますよ。面積はφ90mmの約2倍だったと思う。

コロニーアッセイのプレートサイズとサンプル量 削除/引用
No.6447-1 - 2017/11/09 (木) 11:50:55 - N.S.
こんにちは。
今行っている実験で、φ90mmのプラスティックシャーレ内の培地に、200μLの菌液を広げてコロニーアッセイをしています。
同じ菌液をのせたプレートを3−5枚ずつ作成し、菌液は5種類ほどあるため、プレートの枚数が多く負担になっています。
そこで、プレートのサイズを大きくすれば、3枚を1枚で済ませられるのではないかと思いφ150mmのシャーレのサンプルを取り寄せたのですが、本当に試して良いものか決めかねています。
シャーレが大きくても、適当な菌液の量やコロニー数は変わらないのでしょうか。
また、大きいシャーレを試す際に気を付けるべきことがあれば教えていただきたいです。

研究室内にバイオ系の実験に詳しい人が他におらず、困っています。
よろしくお願いします。

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