Bio Technical フォーラム

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ある基質のプロテアーゼ同定方法について トピック削除
No.6438-TOPIC - 2017/11/05 (日) 00:15:53 - 気質
お世話になります。

あるタンパク質を研究しています。このタンパク質は前駆体として合成されたのち、ゴルジ体にて未知のプロテアーゼにより切断されることが知られています。このプロテアーゼの同定方法として、CRISPRやRNAiなどのノックダウン、ノックアウトによるスクリーニングを思いつくのですが、それ以外にデータベースなどを使用して、切断面のプライマリ配列(基質のです。)を入れると、それを切断しうるプロテアーゼが出てくる、などありませんでしょうか?

スクリーニングは楽しそうなのですが、やはり費用がかかりすぎるという点で代替案を模索中です。
よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.6438-3 - 2017/11/06 (月) 12:47:23 - qq
NCBI geneから、ゴルジに関係しそうなプロテアーゼを拾ってみても良いかもしれない。
NCBI geneに入って、
peptidase-activity[gene ontology] golgi-apparatus[gene ontology] homo-sapiens[organism] NOT inhibitor[gene ontology]

これだと7件しか出てこないので、漏れ漏れかもしれない。

(無題) 削除/引用
No.6438-2 - 2017/11/05 (日) 04:34:33 - おお
ttp://web.expasy.org/peptide_cutter/
ttp://wiki.bits.vib.be/index.php/Prediction_of_protease_cleavage_sites
ttps://prosper.erc.monash.edu.au/

ある基質のプロテアーゼ同定方法について 削除/引用
No.6438-1 - 2017/11/05 (日) 00:15:53 - 気質
お世話になります。

あるタンパク質を研究しています。このタンパク質は前駆体として合成されたのち、ゴルジ体にて未知のプロテアーゼにより切断されることが知られています。このプロテアーゼの同定方法として、CRISPRやRNAiなどのノックダウン、ノックアウトによるスクリーニングを思いつくのですが、それ以外にデータベースなどを使用して、切断面のプライマリ配列(基質のです。)を入れると、それを切断しうるプロテアーゼが出てくる、などありませんでしょうか?

スクリーニングは楽しそうなのですが、やはり費用がかかりすぎるという点で代替案を模索中です。
よろしくお願いします。

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