全11件 ( 1 〜 11 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.6429-12 - 2017/11/05 (日) 16:17:28 - mss みなさまありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.6429-11 - 2017/10/30 (月) 20:56:21 - moz Cysを含めると　VNS,TNCかな。コドンテーブルと睨めっこしただけです。 あっ、TMC, TNCともTGG(Trp)が含まれていないですね。 そのため３本になりますね。

(無題) 削除/引用 No.6429-9 - 2017/10/30 (月) 18:28:28 - mss 独り言様 実は以前そちらのサービスを利用したのですが 値段が高い上に指定した変異が網羅できていなかった （こちらでクローニングした結果ではなく、業者の納品前データ）ので今後は利用しないつもりです。 ちゃんと合成してくれるところは、やはりそれなりの値段がするのでしょうね... moz様 Cysも含めたいと思っているので今回はNNKで進めたいと思います。 ただVNS,TMCなるものは初めて知りました。 ありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.6429-8 - 2017/10/30 (月) 17:12:37 - moz Cysを使わないなら、VNS or TMCの２本作るのも冗長性が少なくて良いよ。

(無題) 削除/引用 No.6429-7 - 2017/10/30 (月) 16:21:31 - 独り言 通常のランダムのプライマー合成ではないですが、 遺伝子合成を利用すれば、おそらく保障してもらえるのではないかと思います。 例えば、Thermoなら特定の塩基配列の中だけでランダムにオリゴを作ってくれるGene artのサービスがあるはずです。なのである程度ランダムであることは保障されているのかなと思います。（試したことないので、正確なことはわかりません） https://www.thermofisher.com/jp/en/home/life-science/cloning/gene-synthesis/directed-evolution/geneart-controlled-randomization-.html 完全にランダムというよりむしろ特定の塩基やアミノ酸の中でランダムとかの条件によいですが。 変異の数にもよりますが、値段は普通のオリゴのように安くはなさそうです。

(無題) 削除/引用 No.6429-6 - 2017/10/30 (月) 15:11:30 - mss 中年様 PCR回収時はプラトーに達していないようにしています。 ただ、達していた場合には修復系に影響されるという可能性もあるのですね。 今後注意したいと思います。 またNNK,Sについては一般的ではないかと思いNNNと表記しました。 ラボではNNKを使っています。 ご指摘ありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.6429-5 - 2017/10/30 (月) 13:37:42 - 中年 ×アミノ酸のしたいのなら ◯アミノ酸にしたいのなら ×方より ◯偏り でした。

(無題) 削除/引用 No.6429-4 - 2017/10/30 (月) 13:23:52 - mss あかね様 ありがとうございます！ マニュアルで変えられるところがあるのですね 早速聞いてみます。

(無題) 削除/引用 No.6429-3 - 2017/10/30 (月) 13:21:53 - 中年 お使いのPCRの条件は、終盤のサイクルでもまだ指数的に増幅しているようなものでしょうか、それとも最後の方はプラトーに達しているでしょうか。 後者であれば、産物のNNNに相当する部分はヘテロデュープレックスになっているはずなので、大腸菌の中でどちらが修復されてどういう産物が得られるかは大腸菌の修復系の特性に依存するでしょうから、その結果として均一な分布になっていない可能性があるように思います。 お尋ねのポイントからは外れますが、単純にランダムなアミノ酸のしたいのなら、NNNよりもNNKやNNSの方がstopコドンの割合が減り、アミノ酸ごとのコドン数の方よりも小さくなります。

(無題) 削除/引用 No.6429-2 - 2017/10/30 (月) 13:08:26 - あかね IDTに問い合わせてみては。 これまでの経験から混合比をマニュアルで変えてくれます。 まずは、IDT JAPANに相談してみることをオススメします。丁寧に答えてくれます。

混合塩基プライマーの塩基存在比率 削除/引用 No.6429-1 - 2017/10/30 (月) 12:57:50 - mss 6,7年前に似た内容のトピックが複数あったのですが、どれも納得のいく回答ではなかったので新たに質問させていただきます。 混合塩基プライマーの（受託）合成に関する質問です。 アミノ酸1残基をランダムに変異するため、 プライマーの1か所を混合塩基NNNにしたものを業者に委託しました。 しかしクローニング・形質転換後に配列を解析したところ NNNの箇所をTまたはGが非常に多く占めA,Cが少ない分アミノ酸にもバイアスがかかっています。 PCRはNNN部分がTmに影響しないようプライマーを設計し、 プラスミド抽出のための培養中も発現漏れによる増殖の差がないようにしています。 そのため原因は「そもそもプライマー合成時に一定の比率で塩基が入っていない」と考えています。 そこで複数の業者（マク○ジェン、ユー○フィン、ファ○マック）で同じプライマーを 試したのですが、やはり同様の結果でした。 長くなりましたが質問は ・合成塩基の比率を保証してくれる業者はあるのでしょうか （そのような業者があると7年前のトピックにあったのですが見つけられませんでした） ・または別の原因が考えられましたら教えていただきたいです。

全11件 ( 1 〜 11 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する 名前  メール  　アドレス非公開    タイトル  本文       設定  クッキーを保存（次回の入力の手間を省けます） 上に上げない（トピックの一覧で一番上に移動させません） 解決（問題が解決した際にチェックしてください） 暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。 送信

---

〔使い方〕 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。

---