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メチル化状態を維持したままPCR
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No.6399-TOPIC - 2017/10/19 (木) 12:19:45 - aaa
題目の通りです。
ダメ元でお聞きしたいのですが、
CpG配列をメチル化したDNAを大量に作りたいのですが、
なかなかうまくいかず(使用している酵素が働かないなど)
苦戦しています。
PCRに関わらず、
もしこのようなことができる技術等がありましたら、
教えていただけると助かります。
宜しくお願い致します。
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(無題)
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No.6399-8 - 2017/10/21 (土) 08:48:11 - mon
> 掲載してくださった同名の酵素を使用していますが、
> なかなかかかりが悪いので。。。。
Zymo社製は他社製より性能が良いのを売りにしているようですよ。
(無題)
削除/引用
No.6399-7 - 2017/10/20 (金) 01:28:29 - おお
ちょっと確かめてないですけどメチルシトシンで合成はできますよね、たしか、
短ければ全合成してしまうのも手かもしれない。ただ、GCばかりじゃ配列が単純になってしまうのでミスアニーリングが増えないような工夫が必要かもしれない。
ある程度長さがあるなら、部分合成かメチレーションされている部位だけPCRで合成して、ライゲーションやExtensionで全長を作るとか。
(無題)
削除/引用
No.6399-6 - 2017/10/19 (木) 19:52:22 - AP
ターゲットはどれくらいの長さで、どこら辺にどれくらいの範囲のCpG配列をメチル化したいのだろうか?
(無題)
削除/引用
No.6399-5 - 2017/10/19 (木) 19:38:37 - aaa
おおさん>
返信ありがとうございます。
アブストだけ読ませていただきましたが、この手法ですと、
CpG配列だけでなく、
すべてのシトシン塩基が置換されてしまいますので、
利用は難しそうです。
(無題)
削除/引用
No.6399-4 - 2017/10/19 (木) 19:36:09 - aaa
mozさん>
返信ありがとうございます。
掲載してくださった同名の酵素を使用していますが、
なかなかかかりが悪いので。。。。
泳動結果を見る限り、よくて50%程度です。
試薬を新しくしたり、条件を変えて見てもうまくいかず、
他のやり方を模索している状況です。
(無題)
削除/引用
No.6399-3 - 2017/10/19 (木) 14:09:39 - おお
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC333784/
こんなのあったよ。
配列によってはかかりにくいみたいで、Taqより高い温度で変性できる酵素とかそういうのも手なのかな。ベタインやDMSO入れてもいいかもしれないけど。
(無題)
削除/引用
No.6399-2 - 2017/10/19 (木) 12:52:28 - moz
経験はありませんが、CpG Methylaseは使えないのですか?
http://www.zymoresearch.com/epigenetics/dna-methylation/dna-methyltransferases/cpg-methylase-m-sssi
メチル化状態を維持したままPCR
削除/引用
No.6399-1 - 2017/10/19 (木) 12:19:45 - aaa
題目の通りです。
ダメ元でお聞きしたいのですが、
CpG配列をメチル化したDNAを大量に作りたいのですが、
なかなかうまくいかず(使用している酵素が働かないなど)
苦戦しています。
PCRに関わらず、
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