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(無題) 削除/引用 No.6378-9 - 2017/10/13 (金) 17:40:13 - vmax 高校の教科書とかだと コアプロモーターから近傍の転写因子結合配列までをプロモーター領域 さらに離れた転写因子結合配列をエンハンサーと表してたような気がします この辺が頭に残っていて理解に微妙なズレが発生してるのでは？ APさんがすでにおっしゃってますが、現在では プロモーター領域といえばコアプロモーターの部分のみで 転写因子等が結合する部分それぞれ全てをエンハンサーと呼ぶのが一般的だと思っています(みなさんはどうですか)

(無題) 削除/引用 No.6378-8 - 2017/10/10 (火) 05:55:53 - vvv トピ主の読んでる教科書が極めて古いのか、書き方がまずいのか、 あるいは、文字通り理解が乏しいのか、のどれかでしょう。 いまどきの教科書に疑問点のようなことに関する 記述がないとは思えないのですが。 先入観なしに改めて教科書を読んでみることをお勧めします。

(無題) 削除/引用 No.6378-7 - 2017/10/09 (月) 10:24:43 - AP こんなのとかね http://science.sciencemag.org/content/245/4916/371/tab-pdf http://www.cell.com/cell/pdf/0092-8674(83)90410-5.pdf >教科書通りにはいかない例というものがあるのですね。 うーん、教科書通りだとおもうけどな。 プロモーター、エンハンサーの定義も教科書通り。 あと、DNAをschematicに一直線だととらえてはいけない。立体的に折れ曲りやループを取りうるのでトポロジーを考慮すると必要がある。

(無題) 削除/引用 No.6378-6 - 2017/10/09 (月) 09:39:13 - AP sox5はエンハンサーにつく因子です。 プロモーターは狭義には基本転写ファクターの結合配列でTATAボックスをコアとするものなどが挙げられます。

(無題) 削除/引用 No.6378-5 - 2017/10/09 (月) 09:25:04 - ぐでたまさん AP様、 レビューありがとうございます！早速読んでみます。 あと、おお様もAP様もエンハンサーと言われていますが、これはプロモータとは別の意味で使っていらっしゃいますか？私の乏しい理解では、プロモータ活性を高めるものがエンハンサーという領域と習いました。一度レビュー読んでみます。ありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.6378-4 - 2017/10/09 (月) 09:05:02 - AP エンハンサーは方向に関係なく働くというのは1980年代には明らかになっていた、よく知られた現象です。まだCATアッセイが主流の頃です。 一つにはエンハンサーにつく調節タンパク質の多くがホモ二量体で対称な構造をしているからという子ともあります。 当時、レヴューもよく出てましたけど、とりあえず今見つけられたのこれ、 http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/bies.950080404/full 今や教科書にも出てるんじゃないかな。

(無題) 削除/引用 No.6378-3 - 2017/10/09 (月) 03:23:28 - ぐでたまさん おお様、 そうなのですか！驚きました。 ということは、アンチセンス鎖にの”順向き”のコンセンサス配列にSox5が結合し、センス鎖の遺伝子の発現を制御している、という解釈でよいのでしょうか？ ルシフェラーゼの3’に転写制御領域を置いても遺伝子の発現制御するというのはとても面白いです。 教科書通りにはいかない例というものがあるのですね。ありがとうございます。 >[Re:2] おおさんは書きました : > ルシフェラーゼアッセイが使われだした頃、転写基本因子を活性化するエンハンサー領域の配列（つまり転写因子結合領域）を逆向きにしてルシフェラーゼ上流につないでも、機能することが示されました。また上流ではなく下流に挿入してもルシフェラーゼ活性が上がるので、エンハンサーコンセンサス配列の向きや位置に制約がないという事が示唆されました。 > > 最初にそれが示された転写因子はなにか知りませんが、その後いろいろな転写因子で同様のことが示されています。ただしすべての事例で当てはまるのかについては慎重に判断するべきかと思います。

(無題) 削除/引用 No.6378-2 - 2017/10/09 (月) 02:57:54 - おお ルシフェラーゼアッセイが使われだした頃、転写基本因子を活性化するエンハンサー領域の配列（つまり転写因子結合領域）を逆向きにしてルシフェラーゼ上流につないでも、機能することが示されました。また上流ではなく下流に挿入してもルシフェラーゼ活性が上がるので、エンハンサーコンセンサス配列の向きや位置に制約がないという事が示唆されました。 最初にそれが示された転写因子はなにか知りませんが、その後いろいろな転写因子で同様のことが示されています。ただしすべての事例で当てはまるのかについては慎重に判断するべきかと思います。

転写因子の認識配列の向きについて。 削除/引用 No.6378-1 - 2017/10/09 (月) 02:40:02 - ぐでたまさん 初めて書き込みします。 ある遺伝子の転写を制御する研究をしています。 LASAGNA-Search 2.0: Searching for transcription factor binding sites (TFBSs) というサイトを利用して、ルシフェラーゼアッセイで絞り込んだ100bp内に結合し得る転写因子を予想したいです。 上記サイトに転写開始点の上流の100bpをクエリーに入力すると、Sox-5という転写因子が結合しそうです。 5’ーAACAATCG−3’が認識配列のようです。 ただ、最初おかしいなと思ったのですが、上記の認識配列がクエリーに入れた100bpには無いんです。 そして色々考えていたら、Sox-5により認識される配列の逆相補鎖の塩基配列がクエリー内に見つかりました。 つまり、5’ーCGATTGTT−3’という配列が100bp内に見られました。 そこで疑問なのですが、認識配列の逆相補的な配列にもSox-5は結合しうるのでしょうか？ 転写因子に関してあまり詳しくなく、頓珍漢か質問かもしれませんが、皆様からご意見を聞かせていただけるととても嬉しいです。よろしくおねがいします。

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